263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BRA0021 on replicon NC_004311
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
174 aa  348  3e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  98.85 
 
 
205 aa  345  2e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  73.56 
 
 
189 aa  253  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.43 
 
 
180 aa  148  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.58 
 
 
182 aa  141  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  47.46 
 
 
184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.33 
 
 
182 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
185 aa  134  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
183 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  45.09 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.66 
 
 
179 aa  131  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  42.22 
 
 
185 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  45.83 
 
 
184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  44.32 
 
 
184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  45.66 
 
 
188 aa  129  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
190 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  44.13 
 
 
179 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  42.26 
 
 
182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  43.35 
 
 
190 aa  123  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  42.61 
 
 
194 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  44.05 
 
 
185 aa  123  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  43.68 
 
 
190 aa  123  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  42.05 
 
 
194 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  41.48 
 
 
194 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  41.04 
 
 
190 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  39.88 
 
 
182 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
190 aa  111  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  40.48 
 
 
181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  44.65 
 
 
224 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.24 
 
 
174 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.48 
 
 
180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  40.24 
 
 
181 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  43.53 
 
 
185 aa  105  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.38 
 
 
167 aa  105  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  39.31 
 
 
178 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  39.31 
 
 
178 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  39.88 
 
 
191 aa  103  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  36.9 
 
 
170 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.36 
 
 
134 aa  99.4  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  39.76 
 
 
219 aa  90.1  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.22 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  34.91 
 
 
181 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  30.34 
 
 
192 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.53 
 
 
260 aa  82  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.93 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.3 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  36.07 
 
 
211 aa  67  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 
191 aa  65.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.94 
 
 
188 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.54 
 
 
185 aa  63.2  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.94 
 
 
232 aa  62  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2471  sigma-24 (FecI-like)  24.58 
 
 
208 aa  60.1  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0956767  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
216 aa  59.7  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.93 
 
 
216 aa  59.3  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 
202 aa  58.5  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
194 aa  57.8  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0266504  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.4 
 
 
228 aa  57.4  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
187 aa  57.4  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  30.68 
 
 
192 aa  57  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  30.68 
 
 
192 aa  57  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  30.68 
 
 
192 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5221  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
529 aa  55.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.35 
 
 
214 aa  55.5  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.24 
 
 
202 aa  54.7  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.74 
 
 
174 aa  54.3  0.0000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.37 
 
 
88 aa  53.9  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.05 
 
 
189 aa  53.9  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0657  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.05 
 
 
180 aa  53.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.36 
 
 
198 aa  53.1  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.56 
 
 
212 aa  52.8  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0401  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
182 aa  52.8  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.799117 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.88 
 
 
192 aa  52  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.79 
 
 
195 aa  51.6  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
195 aa  51.6  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.95 
 
 
200 aa  51.6  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.23 
 
 
188 aa  51.2  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  30.39 
 
 
194 aa  51.2  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.08 
 
 
198 aa  51.2  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.22 
 
 
204 aa  50.8  0.000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.99 
 
 
532 aa  50.4  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  27.1 
 
 
183 aa  50.4  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
666 aa  50.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.4 
 
 
187 aa  50.4  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0679  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.9 
 
 
178 aa  50.4  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.04 
 
 
197 aa  50.1  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0997  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.27 
 
 
202 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1015  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.27 
 
 
202 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.393084  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.75 
 
 
182 aa  49.7  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09253  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily protein  29.55 
 
 
195 aa  49.7  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0478381  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1025  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.27 
 
 
202 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0229  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  39.19 
 
 
229 aa  50.1  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1423  transcriptional regulator, LuxR family  25.75 
 
 
180 aa  49.3  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.568122  normal  0.0182101 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1350  RNA polymerase sigma factor SigL  29.63 
 
 
171 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  28.29 
 
 
190 aa  48.5  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.83 
 
 
195 aa  48.5  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1125  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.71 
 
 
183 aa  48.9  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000233125  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0518  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.39 
 
 
215 aa  48.9  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00604646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>