More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2016 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
181 aa  357  6e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  84.53 
 
 
181 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  86.74 
 
 
191 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  81.11 
 
 
181 aa  270  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  73.81 
 
 
170 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  64.04 
 
 
185 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  52.75 
 
 
190 aa  184  6e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  42.05 
 
 
183 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  41.24 
 
 
184 aa  125  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
183 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  39.55 
 
 
184 aa  123  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.06 
 
 
180 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  40.88 
 
 
182 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  41.86 
 
 
185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
184 aa  119  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  41.67 
 
 
219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  36.72 
 
 
185 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  35.8 
 
 
185 aa  115  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  36.96 
 
 
192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  36.61 
 
 
190 aa  112  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  41.52 
 
 
182 aa  112  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.65 
 
 
191 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  37.02 
 
 
190 aa  108  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.24 
 
 
174 aa  107  9.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  42.94 
 
 
224 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.97 
 
 
182 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.2 
 
 
205 aa  106  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.94 
 
 
179 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  40.23 
 
 
190 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.48 
 
 
182 aa  101  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  41.32 
 
 
188 aa  101  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.23 
 
 
223 aa  100  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  37.8 
 
 
190 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.82 
 
 
260 aa  98.6  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  36.56 
 
 
181 aa  98.6  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
189 aa  96.3  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
178 aa  95.5  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  40.57 
 
 
211 aa  95.1  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.47 
 
 
180 aa  95.5  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
178 aa  95.5  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  36.52 
 
 
194 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
194 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
191 aa  90.9  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  34.27 
 
 
194 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.92 
 
 
189 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.15 
 
 
174 aa  88.2  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.98 
 
 
189 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36 
 
 
216 aa  85.1  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  33.53 
 
 
179 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.91 
 
 
187 aa  81.3  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  38.12 
 
 
195 aa  76.3  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.46 
 
 
212 aa  75.1  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.13 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.34 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
188 aa  72.8  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0988  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
185 aa  71.2  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.18 
 
 
198 aa  70.5  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.61 
 
 
188 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.39 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  31.76 
 
 
194 aa  70.5  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
198 aa  69.7  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.15 
 
 
185 aa  70.1  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  34.24 
 
 
218 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  30.77 
 
 
232 aa  68.6  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  31.46 
 
 
187 aa  68.6  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  33.13 
 
 
212 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
196 aa  68.2  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.27 
 
 
200 aa  68.2  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  30.59 
 
 
192 aa  67.8  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
202 aa  67  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0740  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.75 
 
 
227 aa  67.4  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00362489  normal  0.246435 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  27.92 
 
 
184 aa  67  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.33 
 
 
190 aa  66.2  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
190 aa  66.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
190 aa  65.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
167 aa  66.2  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.97 
 
 
196 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1125  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
183 aa  66.2  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000233125  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
246 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.08 
 
 
163 aa  65.5  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  32.02 
 
 
202 aa  65.5  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
223 aa  65.1  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
179 aa  65.1  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  33.08 
 
 
182 aa  64.3  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  27.52 
 
 
185 aa  64.3  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.51 
 
 
183 aa  64.3  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3002  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
191 aa  64.3  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  32.75 
 
 
212 aa  64.3  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.05 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  27.62 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  26.85 
 
 
185 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3118  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.54 
 
 
234 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  28.49 
 
 
192 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  28.37 
 
 
183 aa  63.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  28.49 
 
 
192 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  28.49 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.74 
 
 
216 aa  63.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.82 
 
 
174 aa  63.2  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  33.08 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>