More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1693 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
167 aa  337  5e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
174 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.58 
 
 
189 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
184 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
184 aa  111  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
174 aa  109  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  40.35 
 
 
185 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  42.26 
 
 
181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.56 
 
 
179 aa  108  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.38 
 
 
205 aa  107  7.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  45.18 
 
 
194 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  40.48 
 
 
184 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  37.13 
 
 
182 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  43.48 
 
 
182 aa  105  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  38.37 
 
 
219 aa  104  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  42.6 
 
 
185 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
194 aa  104  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
194 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  45.96 
 
 
188 aa  102  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  43.53 
 
 
179 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.6 
 
 
180 aa  101  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  43.29 
 
 
190 aa  100  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  41.82 
 
 
190 aa  100  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  37.06 
 
 
183 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  41.61 
 
 
178 aa  99  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  41.61 
 
 
178 aa  99  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  42.68 
 
 
190 aa  98.2  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  37.71 
 
 
190 aa  97.8  7e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.62 
 
 
180 aa  97.1  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.35 
 
 
182 aa  95.5  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  43.95 
 
 
224 aa  94.7  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
190 aa  94.4  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  37.95 
 
 
185 aa  94  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  38.69 
 
 
211 aa  94  9e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  35.67 
 
 
183 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  39.16 
 
 
191 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  36.36 
 
 
185 aa  90.9  7e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.39 
 
 
182 aa  89.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  36.97 
 
 
181 aa  88.2  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  33.52 
 
 
192 aa  87.8  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.15 
 
 
191 aa  85.1  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  36.75 
 
 
181 aa  84.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
191 aa  84  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.87 
 
 
216 aa  80.1  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.57 
 
 
187 aa  78.2  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.09 
 
 
260 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
223 aa  77.4  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.23 
 
 
189 aa  77.4  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.73 
 
 
134 aa  73.6  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.76 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.62 
 
 
88 aa  72.4  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  33.73 
 
 
170 aa  72  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01782  RNA polymerase sigma factor  30.23 
 
 
187 aa  68.6  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.126862  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  34.9 
 
 
196 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.85 
 
 
189 aa  63.9  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.03 
 
 
186 aa  62.8  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1366  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.99 
 
 
191 aa  60.5  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.994867  normal  0.636053 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.88 
 
 
198 aa  59.7  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
228 aa  59.3  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
181 aa  57.8  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
181 aa  57.8  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4597  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.5 
 
 
183 aa  57.8  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3521  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.5 
 
 
183 aa  57.8  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.351274  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.75 
 
 
232 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3639  sigma-24 (FecI-like)  29.79 
 
 
176 aa  57  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1576  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
220 aa  56.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  26.85 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  31.71 
 
 
225 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  31.71 
 
 
225 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  26.85 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
192 aa  55.5  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  28.35 
 
 
183 aa  55.8  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  28.68 
 
 
188 aa  55.1  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  31.1 
 
 
225 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.67 
 
 
201 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.36 
 
 
194 aa  53.9  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.561325  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.81 
 
 
215 aa  53.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3919  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.64 
 
 
200 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0250534  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  29.61 
 
 
192 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.06 
 
 
198 aa  53.1  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
240 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
184 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.45 
 
 
240 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  29.05 
 
 
192 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3311  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.69 
 
 
182 aa  53.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161259  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  30.3 
 
 
202 aa  52.8  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  29.05 
 
 
192 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
234 aa  52  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.12 
 
 
384 aa  51.6  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.46169  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0238  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
197 aa  51.6  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  26.76 
 
 
190 aa  51.6  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0222  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.7 
 
 
183 aa  51.2  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.805542  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3888  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.89 
 
 
184 aa  51.2  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.178328  normal  0.202136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.89 
 
 
184 aa  51.2  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.638432 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.56 
 
 
240 aa  51.2  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
189 aa  51.2  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.206196 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.28 
 
 
246 aa  50.8  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.52 
 
 
215 aa  50.8  0.000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
244 aa  50.8  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2587  sigma-70, region 4 type 2  29.45 
 
 
216 aa  50.8  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.802331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>