More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2587 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2587  sigma-70, region 4 type 2  100 
 
 
216 aa  428  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  87.63 
 
 
188 aa  315  3e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.228174  decreased coverage  0.00013029 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2773  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.32 
 
 
192 aa  180  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0843729  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3479  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52 
 
 
200 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0164262  hitchhiker  0.00700912 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12105  RNA polymerase sigma factor SigC  53.98 
 
 
311 aa  157  1e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0244579  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.83 
 
 
192 aa  149  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1273  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  58.49 
 
 
182 aa  146  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
274 aa  142  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.14 
 
 
205 aa  99.4  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.14 
 
 
205 aa  99.4  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
192 aa  98.2  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.37 
 
 
199 aa  98.2  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.12 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.91 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.93 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3144  sigma-24 (FecI-like)  38.16 
 
 
187 aa  95.9  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.283984  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
199 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
200 aa  95.5  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.09 
 
 
191 aa  95.5  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
199 aa  95.5  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
199 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.97 
 
 
181 aa  95.1  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.22 
 
 
198 aa  94.7  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.98 
 
 
199 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.21 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.21 
 
 
199 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
199 aa  92.8  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
199 aa  92.4  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.86 
 
 
392 aa  92  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
208 aa  91.7  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.52 
 
 
192 aa  91.7  8e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  33.33 
 
 
208 aa  91.7  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.12 
 
 
194 aa  91.7  9e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.12 
 
 
198 aa  90.9  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
191 aa  90.1  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.54 
 
 
192 aa  90.5  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.98 
 
 
195 aa  90.5  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.21 
 
 
199 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.52 
 
 
205 aa  90.5  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.21 
 
 
199 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.71 
 
 
191 aa  89.7  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
191 aa  89.7  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
191 aa  89.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
191 aa  89.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
191 aa  89.4  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
191 aa  89.4  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
191 aa  89.4  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
191 aa  89  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  89  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.74 
 
 
190 aa  89  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  33.33 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.31 
 
 
206 aa  88.6  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  33.33 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.88 
 
 
206 aa  88.6  7e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
185 aa  88.6  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.88 
 
 
206 aa  88.6  7e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
197 aa  88.6  7e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  88.2  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.3 
 
 
193 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.41 
 
 
190 aa  88.2  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.3 
 
 
193 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.64 
 
 
199 aa  87.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.73 
 
 
193 aa  87.8  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
206 aa  87.4  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  38.16 
 
 
181 aa  86.7  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.24 
 
 
210 aa  87  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  38.16 
 
 
180 aa  86.3  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  39.06 
 
 
182 aa  86.3  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.95 
 
 
192 aa  86.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.23 
 
 
173 aa  85.9  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  41.22 
 
 
181 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
224 aa  85.9  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.73 
 
 
208 aa  85.5  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.1 
 
 
215 aa  85.5  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.73 
 
 
192 aa  85.5  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  39.47 
 
 
181 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3274  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.1 
 
 
211 aa  85.1  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0690912  normal  0.387372 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.14 
 
 
192 aa  85.1  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>