More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_3371 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
210 aa  429  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.45 
 
 
195 aa  112  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.79 
 
 
222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.2 
 
 
205 aa  111  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.65 
 
 
184 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.95 
 
 
191 aa  107  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.52 
 
 
193 aa  107  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.08 
 
 
189 aa  105  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.39 
 
 
197 aa  105  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  104  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.24 
 
 
199 aa  104  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
192 aa  104  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.63 
 
 
192 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.36 
 
 
187 aa  103  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.64 
 
 
200 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.52 
 
 
191 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
199 aa  102  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
200 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
199 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  35.47 
 
 
208 aa  102  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.47 
 
 
208 aa  102  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
199 aa  101  8e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
211 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
192 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.5 
 
 
209 aa  100  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.05 
 
 
194 aa  100  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.77 
 
 
206 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.83 
 
 
208 aa  99.8  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
205 aa  99.8  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
205 aa  99.8  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.56 
 
 
201 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.66 
 
 
192 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
192 aa  99.8  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
192 aa  99.8  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  38.98 
 
 
203 aa  99.8  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 
193 aa  99.8  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
192 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
192 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.45 
 
 
193 aa  99  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.51 
 
 
216 aa  98.6  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.8 
 
 
200 aa  98.2  7e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.5 
 
 
192 aa  98.6  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.91 
 
 
193 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  31.91 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
215 aa  97.1  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0093  RNA polymerase sigma factor  35.43 
 
 
203 aa  96.7  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
224 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.25 
 
 
211 aa  96.3  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3274  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.52 
 
 
211 aa  96.3  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0690912  normal  0.387372 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.02 
 
 
192 aa  95.9  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  36 
 
 
203 aa  95.9  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
206 aa  95.9  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.58 
 
 
193 aa  95.9  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.93 
 
 
220 aa  95.5  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.39 
 
 
190 aa  95.5  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.46 
 
 
191 aa  95.1  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.38 
 
 
193 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
208 aa  94.7  8e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.64 
 
 
392 aa  94.7  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
191 aa  94.7  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  94.7  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  94.7  9e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94.7  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94.7  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
191 aa  94.7  9e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.48 
 
 
193 aa  94.7  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94.7  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  94.7  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0489  RNA polymerase sigma factor  36.98 
 
 
230 aa  94.7  9e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94.7  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  94.7  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  94.7  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
199 aa  94.7  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.87 
 
 
206 aa  94.7  9e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.87 
 
 
206 aa  94.7  9e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94.7  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 
191 aa  94  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2627  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.01 
 
 
211 aa  94  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
192 aa  94  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.09 
 
 
191 aa  94  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.9 
 
 
191 aa  94.4  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.02 
 
 
201 aa  94  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  34.09 
 
 
191 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>