More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2578 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
269 aa  547  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
235 aa  474  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  87.07 
 
 
234 aa  411  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  73.3 
 
 
240 aa  288  7e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0903  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  65.5 
 
 
234 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.255496  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.12 
 
 
234 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1318  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  60.23 
 
 
237 aa  211  9e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1159  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  59.55 
 
 
234 aa  211  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.920505  normal  0.305303 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.44 
 
 
229 aa  205  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.072545  normal  0.0106321 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3118  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  61.64 
 
 
234 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0746  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.89 
 
 
237 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.58 
 
 
250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.81 
 
 
226 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.55 
 
 
246 aa  196  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.28 
 
 
240 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0458  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.88 
 
 
226 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.6635 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.52 
 
 
246 aa  193  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.76 
 
 
240 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.75 
 
 
244 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  49.75 
 
 
271 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.77 
 
 
244 aa  189  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1277  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.91 
 
 
260 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.91 
 
 
263 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  59.06 
 
 
183 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6449  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.5 
 
 
239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983426  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.45 
 
 
249 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.23 
 
 
246 aa  178  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.7 
 
 
243 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.6 
 
 
198 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4833  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.02 
 
 
231 aa  175  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149423  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.23 
 
 
246 aa  175  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
227 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  55.7 
 
 
190 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.41 
 
 
248 aa  170  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.41 
 
 
248 aa  170  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  55.7 
 
 
190 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  54.79 
 
 
185 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.41 
 
 
248 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  55.03 
 
 
190 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  54.11 
 
 
185 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  56.38 
 
 
181 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  56.38 
 
 
181 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  54.11 
 
 
188 aa  168  7e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  56.38 
 
 
181 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.44 
 
 
227 aa  168  9e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  55.7 
 
 
182 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.64 
 
 
249 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  54.36 
 
 
181 aa  166  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  53.59 
 
 
182 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  54.36 
 
 
180 aa  166  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.41 
 
 
190 aa  165  6.9999999999999995e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.79 
 
 
181 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  52.29 
 
 
187 aa  163  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.54 
 
 
224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.15 
 
 
181 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  52.35 
 
 
184 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  55.17 
 
 
197 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.7 
 
 
185 aa  157  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.14 
 
 
181 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.13 
 
 
253 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1272  RNA polymerase sigma factor  53.96 
 
 
194 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2930  RNA polymerase sigma factor  53.96 
 
 
194 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2701  RNA polymerase sigma factor  53.24 
 
 
194 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.05 
 
 
249 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  50 
 
 
202 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.34 
 
 
231 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.68 
 
 
201 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  48.63 
 
 
185 aa  142  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  49.34 
 
 
168 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.34 
 
 
168 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.81 
 
 
201 aa  139  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1220  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.03 
 
 
167 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0980579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0132  sigma-70 region 2 domain-containing protein  45.73 
 
 
184 aa  135  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.39 
 
 
211 aa  132  7.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  48.68 
 
 
278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3523  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.67 
 
 
190 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.67 
 
 
211 aa  125  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285949  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2683  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.42 
 
 
229 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.606865  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.29 
 
 
195 aa  123  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0951622  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.95 
 
 
139 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.867072 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
173 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
173 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
173 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
173 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
173 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
173 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.69 
 
 
173 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1137  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.82 
 
 
157 aa  112  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.38 
 
 
173 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.13 
 
 
183 aa  109  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1447  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.3 
 
 
192 aa  108  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.4 
 
 
166 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.42 
 
 
180 aa  105  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.18 
 
 
175 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161053  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6866  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.88 
 
 
175 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
179 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5820  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.95 
 
 
175 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.26 
 
 
172 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  40 
 
 
176 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>