More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3117 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3117  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  409  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0757  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0106421  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0928  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 461 aa  60.1  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000384359  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5607  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.897418  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1957  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0511  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0460  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.466873  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3581  TetR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.919672  normal  0.194712 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2512  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 220 aa  53.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00290305  normal  0.550501 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2653  transcriptional regulator, TetR family  41.56 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0164897  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8998  putative transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 229 aa  52.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.115445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13490  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 213 aa  52.4  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 193 aa  52.8  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1052  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 215 aa  52.4  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 222 aa  52  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 197 aa  52  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  41.94 
 
 		 205 aa  52  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 184 aa  51.6  0.000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  40.79 
 
 		 197 aa  50.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0536  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.613933  normal  0.25181 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3723  transcriptional regulator, TetR family  48.94 
 
 		 187 aa  50.4  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000134359  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 190 aa  50.4  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4147  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3194  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 188 aa  49.7  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3959  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 		 204 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00461459  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  44.44 
 
 		 186 aa  49.7  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 217 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3702  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 195 aa  49.3  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6309  putative transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 197 aa  49.3  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407991  normal  0.0813971 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 195 aa  49.3  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 248 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3910  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 242 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.104674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 228 aa  48.9  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 242 aa  48.9  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 204 aa  48.5  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  37.88 
 
 		 196 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 213 aa  48.5  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0599  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 200 aa  48.5  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000153581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 232 aa  48.5  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 194 aa  48.5  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 241 aa  48.5  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 201 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 202 aa  48.1  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0085  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 195 aa  48.1  0.00008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.0016021  decreased coverage  0.0000722764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 195 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 194 aa  48.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 200 aa  48.1  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 200 aa  48.1  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 197 aa  48.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2028  transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 194 aa  48.1  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.937171  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 194 aa  48.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2689  putative transcriptional regulator, TetR family  44.74 
 
 		 325 aa  48.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.559134 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 189 aa  47.4  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  36.21 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 197 aa  47.8  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2480  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 198 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  33.9 
 
 		 235 aa  47.8  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 197 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  30.3 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  45.61 
 
 		 192 aa  47.4  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 190 aa  48.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  38.96 
 
 		 201 aa  47.4  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  41.07 
 
 		 280 aa  48.1  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  37.68 
 
 		 205 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  34.41 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0708  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 244 aa  46.6  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3833  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 192 aa  47  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  38.6 
 
 		 246 aa  47  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  36.92 
 
 		 226 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0084  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 197 aa  47  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.382504  normal  0.519853 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  37.29 
 
 		 218 aa  46.6  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 199 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 198 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 239 aa  46.6  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>