184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0282 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  100 
 
 		 511 aa  1028    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2528  lipopolysaccharide biosynthesis  47.54 
 
 		 510 aa  462  1e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.597062  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  44.77 
 
 		 514 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0659  lipopolysaccharide biosynthesis  42.12 
 
 		 524 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.413741  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2398  lipopolysaccharide biosynthesis  44.33 
 
 		 480 aa  401  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0820285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1984  lipopolysaccharide biosynthesis  43.3 
 
 		 533 aa  387  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5026  chain length determinant family protein  38.08 
 
 		 528 aa  378  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0147  lipopolysaccharide biosynthesis  41.11 
 
 		 503 aa  365  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2391  lipopolysaccharide biosynthesis protein  39.29 
 
 		 530 aa  365  1e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  40.5 
 
 		 518 aa  355  1e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1507  lipopolysaccharide biosynthesis  39.96 
 
 		 510 aa  354  2e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.577803  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1169  lipopolysaccharide biosynthesis  34.17 
 
 		 527 aa  351  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1521  lipopolysaccharide biosynthesis  38.82 
 
 		 514 aa  345  7e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0377577  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3508  polysaccharide chain length determinant protein  36.4 
 
 		 517 aa  344  2e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000047598 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  30.68 
 
 		 519 aa  301  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3118  lipopolysaccharide biosynthesis  32.09 
 
 		 532 aa  247  4.9999999999999997e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0491036  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2964  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.68 
 
 		 493 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4032  PEP-CTERM locus polysaccharide chain length determinant  29.08 
 
 		 507 aa  209  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077437  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2335  lipopolysaccharide biosynthesis  31.66 
 
 		 505 aa  204  4e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.104875  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0585  lipopolysaccharide biosynthesis  28.72 
 
 		 537 aa  202  9e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976376 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1927  lipopolysaccharide biosynthesis  30.66 
 
 		 509 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2029  lipopolysaccharide biosynthesis  26.88 
 
 		 518 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.911023  normal  0.105361 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2477  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  25.76 
 
 		 499 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  24.44 
 
 		 499 aa  171  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1659  lipopolysaccharide biosynthesis  27.2 
 
 		 505 aa  170  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.490085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1770  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  24.39 
 
 		 499 aa  159  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  27 
 
 		 490 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2221  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  25.2 
 
 		 489 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.120089  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0133  hypothetical protein  26.97 
 
 		 507 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2364  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.64 
 
 		 507 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0427  uncharacterized protein involved in exopolysaccharide biosynthesis-like protein  23.24 
 
 		 521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0403226 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0831  chain length determinant family protein  24.65 
 
 		 502 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3070  lipopolysaccharide biosynthesis  24.14 
 
 		 500 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2580  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.15 
 
 		 520 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.58 
 
 		 474 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2918  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.81 
 
 		 522 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.732193  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1446  lipopolysaccharide biosynthesis  22.9 
 
 		 519 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5769  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.57 
 
 		 778 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2588  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.14 
 
 		 520 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3127  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.14 
 
 		 512 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2728  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.14 
 
 		 520 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898945  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0298  hypothetical protein  21.97 
 
 		 499 aa  107  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.998789  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0688  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  23.22 
 
 		 480 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403997 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2584  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.75 
 
 		 575 aa  104  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02221  hypothetical protein  23.89 
 
 		 475 aa  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  23.06 
 
 		 750 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.34 
 
 		 642 aa  98.2  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.21 
 
 		 643 aa  94.7  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003540  chain length determinant protein  21.72 
 
 		 457 aa  91.7  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2407  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.92 
 
 		 601 aa  89.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3542 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.43 
 
 		 804 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.19 
 
 		 720 aa  79.7  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.28 
 
 		 463 aa  79.3  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2616  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.68 
 
 		 455 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.162079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4310  capsular exopolysaccharide family  21.78 
 
 		 753 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0649  hypothetical protein  26.03 
 
 		 806 aa  78.2  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.304884  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  22.85 
 
 		 742 aa  75.9  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1045  lipopolysaccharide biosynthesis  23.21 
 
 		 736 aa  75.5  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0728146  normal  0.010052 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  23.77 
 
 		 737 aa  75.5  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.29 
 
 		 653 aa  75.5  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  24.03 
 
 		 487 aa  75.1  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2831  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.46 
 
 		 456 aa  73.9  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370542  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  24.23 
 
 		 738 aa  72.8  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  24.32 
 
 		 790 aa  71.2  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  21.64 
 
 		 727 aa  71.2  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.74 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4239  lipopolysaccharide biosynthesis  21 
 
 		 517 aa  69.7  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0553335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0978  lipopolysaccharide biosynthesis  22.52 
 
 		 509 aa  67.8  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  25.25 
 
 		 711 aa  67.8  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2736  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.8 
 
 		 456 aa  67.4  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00743206  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0659  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.26 
 
 		 671 aa  67.8  0.0000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1070  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.46 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.704444  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  22.7 
 
 		 456 aa  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.618609  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1127  capsular exopolysaccharide family  22.35 
 
 		 722 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4925  capsular exopolysaccharide family protein  22.34 
 
 		 739 aa  63.9  0.000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501733  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  21.93 
 
 		 756 aa  63.9  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  22.2 
 
 		 753 aa  63.5  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  20.9 
 
 		 734 aa  63.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  23.51 
 
 		 721 aa  63.5  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  20.11 
 
 		 737 aa  62  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.29 
 
 		 759 aa  60.1  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0519  capsular exopolysaccharide family  21.51 
 
 		 819 aa  59.7  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3388  polysaccharide chain length determinant protein  21.49 
 
 		 508 aa  59.7  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3796  capsular exopolysaccharide family  23.45 
 
 		 741 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.263361  normal  0.369673 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  23.65 
 
 		 734 aa  58.9  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0065  capsular exopolysaccharide family  21.98 
 
 		 795 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.121556 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4089  capsular exopolysaccharide family  22.83 
 
 		 759 aa  58.9  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.286783 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0649  putative lipopolysaccharide biosynthesis tyrosine kinase  26.74 
 
 		 753 aa  58.5  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  21.26 
 
 		 747 aa  58.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4786  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.71 
 
 		 519 aa  58.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.55 
 
 		 749 aa  57.4  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1126  capsular exopolysaccharide family  21.64 
 
 		 790 aa  57  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0796389  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1061  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.25 
 
 		 730 aa  57  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  24.52 
 
 		 388 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2649  lipopolysaccharide biosynthesis  22.39 
 
 		 814 aa  56.2  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.350341  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1087  capsular exopolysaccharide family  22.91 
 
 		 763 aa  55.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0136543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6747  exopolysaccharide transport protein family  25.44 
 
 		 740 aa  54.3  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  21.98 
 
 		 726 aa  54.3  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.53 
 
 		 730 aa  52.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2533  protein-tyrosine kinase  26.09 
 
 		 802 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.152743 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>