More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2961 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2961  diguanylate cyclase  100 
 
 		 565 aa  1167    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  52.2 
 
 		 556 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  51.97 
 
 		 555 aa  559  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3296  diguanylate cyclase  53.73 
 
 		 507 aa  543  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000430363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  49.82 
 
 		 555 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  51.41 
 
 		 557 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  51.41 
 
 		 557 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  51.22 
 
 		 557 aa  535  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1389  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  51.03 
 
 		 557 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  50.64 
 
 		 555 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  50.09 
 
 		 555 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  45.9 
 
 		 562 aa  473  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  26.67 
 
 		 603 aa  97.4  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.51 
 
 		 1011 aa  94  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  24.65 
 
 		 612 aa  92.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.93 
 
 		 867 aa  90.1  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  25.7 
 
 		 571 aa  83.2  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  25.59 
 
 		 564 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  25.07 
 
 		 571 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  25.32 
 
 		 614 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.8 
 
 		 726 aa  79  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  24.79 
 
 		 577 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 561 aa  78.2  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2799  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  31.25 
 
 		 716 aa  74.7  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000869  normal  0.160664 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.48 
 
 		 1045 aa  73.9  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  25.34 
 
 		 581 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  27.3 
 
 		 569 aa  73.2  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.73 
 
 		 853 aa  72.4  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  22.79 
 
 		 627 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  26.21 
 
 		 707 aa  70.9  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.69 
 
 		 708 aa  70.5  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.41 
 
 		 611 aa  69.7  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2484  GGDEF domain-containing protein  22.24 
 
 		 571 aa  69.7  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  25.64 
 
 		 601 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  24.2 
 
 		 565 aa  69.3  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  20.83 
 
 		 638 aa  68.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  28.63 
 
 		 660 aa  68.2  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  23.72 
 
 		 588 aa  67.8  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  28.86 
 
 		 795 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  28.91 
 
 		 724 aa  67  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 		 802 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2800  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  30.88 
 
 		 696 aa  65.9  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120614  normal  0.163305 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  24.34 
 
 		 566 aa  65.1  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2078  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.07 
 
 		 823 aa  65.1  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  28.64 
 
 		 715 aa  64.3  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.63 
 
 		 663 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  23.85 
 
 		 1042 aa  61.6  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  27.57 
 
 		 565 aa  61.2  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 		 782 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  26.28 
 
 		 557 aa  60.5  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.34 
 
 		 662 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 		 662 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  23.19 
 
 		 642 aa  59.7  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 662 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  27 
 
 		 570 aa  58.5  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  26.44 
 
 		 596 aa  56.2  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  24.29 
 
 		 578 aa  56.6  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0902  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.5 
 
 		 718 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.651526  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.22 
 
 		 582 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.75 
 
 		 638 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4358  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.44 
 
 		 600 aa  55.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.934126  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001647  sensory box/GGDEF family protein  27.32 
 
 		 626 aa  55.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00111686  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2790  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.31 
 
 		 296 aa  56.2  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.301061  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  20.98 
 
 		 577 aa  55.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 596 aa  55.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1927  sensory box/response regulator  26.18 
 
 		 660 aa  55.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.56 
 
 		 843 aa  54.3  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1312  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.13 
 
 		 776 aa  54.3  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  23.18 
 
 		 677 aa  53.5  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0485  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  24.35 
 
 		 1011 aa  53.5  0.000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 		 644 aa  53.5  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  21.97 
 
 		 630 aa  53.5  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.63 
 
 		 568 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  22.58 
 
 		 553 aa  52.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.59 
 
 		 778 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.74 
 
 		 739 aa  51.6  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.1 
 
 		 1109 aa  52  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.08 
 
 		 633 aa  51.6  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.86 
 
 		 861 aa  52.4  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.65 
 
 		 708 aa  51.6  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  24.73 
 
 		 1245 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.08 
 
 		 531 aa  51.6  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  25.89 
 
 		 449 aa  51.2  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  23.59 
 
 		 651 aa  51.2  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  22.88 
 
 		 668 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.78 
 
 		 755 aa  50.8  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.83 
 
 		 784 aa  50.8  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  24.49 
 
 		 562 aa  50.4  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 560 aa  50.4  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  21.61 
 
 		 631 aa  50.4  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  22.53 
 
 		 631 aa  50.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0298  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.12 
 
 		 709 aa  49.7  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  21.98 
 
 		 299 aa  50.1  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  24.14 
 
 		 636 aa  49.7  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4146  GGDEF domain-containing protein  23.95 
 
 		 777 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 781 aa  50.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2267  hypothetical protein  27.36 
 
 		 590 aa  50.1  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.22249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  24.91 
 
 		 564 aa  48.9  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0558  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.56 
 
 		 683 aa  49.3  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.38 
 
 		 1052 aa  48.9  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>