More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2700 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  77.36 
 
 		 557 aa  879    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  88.11 
 
 		 555 aa  1013    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  76.99 
 
 		 557 aa  861    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1389  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  76.99 
 
 		 557 aa  857    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  77.36 
 
 		 557 aa  880    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  58.32 
 
 		 556 aa  645    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  100 
 
 		 555 aa  1141    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  98.02 
 
 		 555 aa  1119    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  91.89 
 
 		 555 aa  1022    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  60.73 
 
 		 562 aa  624  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3296  diguanylate cyclase  59.64 
 
 		 507 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000430363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2961  diguanylate cyclase  50.18 
 
 		 565 aa  565  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  26.65 
 
 		 603 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  25.29 
 
 		 564 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 561 aa  117  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  25.85 
 
 		 612 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  26.22 
 
 		 569 aa  100  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  23.9 
 
 		 571 aa  94.7  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.05 
 
 		 867 aa  94  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  21.86 
 
 		 588 aa  93.2  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  24.91 
 
 		 611 aa  93.2  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  24.54 
 
 		 636 aa  92  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  22.93 
 
 		 638 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  25.06 
 
 		 565 aa  92  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  26.45 
 
 		 571 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  25.96 
 
 		 566 aa  91.3  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  26.26 
 
 		 577 aa  90.9  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  24.78 
 
 		 631 aa  90.5  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  26.33 
 
 		 581 aa  90.1  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.09 
 
 		 1264 aa  89.7  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.61 
 
 		 1011 aa  89  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2484  GGDEF domain-containing protein  23.95 
 
 		 571 aa  88.2  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 491 aa  87.8  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  23.98 
 
 		 629 aa  86.7  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.91 
 
 		 663 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 638 aa  85.5  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  24.16 
 
 		 578 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  23.23 
 
 		 628 aa  83.6  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  28.38 
 
 		 517 aa  83.6  0.000000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  35.44 
 
 		 344 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  29.19 
 
 		 569 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  23.26 
 
 		 614 aa  82  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 		 662 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 953 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 507 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 507 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 610 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 490 aa  81.3  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  29.05 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  32.93 
 
 		 625 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.13 
 
 		 1050 aa  80.9  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 472 aa  80.5  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 339 aa  80.9  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  30 
 
 		 868 aa  80.5  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0485  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.63 
 
 		 1011 aa  80.5  0.00000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 336 aa  80.5  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.55 
 
 		 652 aa  80.1  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 562 aa  80.1  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.55 
 
 		 652 aa  80.1  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 628 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  31.37 
 
 		 356 aa  80.1  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  27.27 
 
 		 356 aa  80.1  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3407  translation initiation factor IF-2  45.69 
 
 		 248 aa  80.1  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60542  normal  0.126048 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.52 
 
 		 587 aa  80.1  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 227 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  35.03 
 
 		 589 aa  80.1  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.72 
 
 		 953 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.5 
 
 		 909 aa  79.7  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32 
 
 		 853 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 		 662 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 390 aa  79  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.99 
 
 		 960 aa  79  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.36 
 
 		 557 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2916  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  30.72 
 
 		 543 aa  79  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.833203  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  34.46 
 
 		 423 aa  79  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 738 aa  79  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 628 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 621 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  28.34 
 
 		 280 aa  79  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  34.46 
 
 		 423 aa  79  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  24.88 
 
 		 673 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 491 aa  78.6  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1669  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 499 aa  78.6  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.07 
 
 		 669 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.11 
 
 		 660 aa  78.2  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 625 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.66 
 
 		 1087 aa  77.8  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.72 
 
 		 1073 aa  78.2  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 		 662 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.62 
 
 		 739 aa  77.8  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  31.1 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  29.34 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.4 
 
 		 1078 aa  77.4  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  25.87 
 
 		 659 aa  77.4  0.0000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 483 aa  77.4  0.0000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>