More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0575 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0575  secretion protein HlyD  100 
 
 		 413 aa  827    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.3 
 
 		 440 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  66.3 
 
 		 440 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  58.64 
 
 		 426 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0519  cation efflux protein, putative  59.11 
 
 		 433 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  63.97 
 
 		 423 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3514  RND family efflux transporter MFP subunit  58.43 
 
 		 430 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0555  RND family efflux transporter MFP subunit  59.1 
 
 		 433 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  60.48 
 
 		 409 aa  462  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  57.56 
 
 		 455 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  58.2 
 
 		 430 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  68.54 
 
 		 319 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3974  RND family efflux transporter MFP subunit  66.3 
 
 		 440 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  53.62 
 
 		 459 aa  448  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3342  RND family efflux transporter MFP subunit  62.44 
 
 		 421 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3189  secretion protein HlyD  57.21 
 
 		 401 aa  431  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  37.75 
 
 		 435 aa  212  7.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  36.18 
 
 		 433 aa  208  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  34.57 
 
 		 448 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 398 aa  106  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  25.32 
 
 		 399 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  27.47 
 
 		 424 aa  94  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  25.36 
 
 		 424 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 538 aa  90.9  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 537 aa  89.4  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  27.2 
 
 		 423 aa  88.2  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 		 683 aa  88.2  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  25.98 
 
 		 504 aa  87.8  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 368 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 537 aa  87  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  26.07 
 
 		 422 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 410 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  25.74 
 
 		 432 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  26.3 
 
 		 625 aa  83.2  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  31 
 
 		 715 aa  83.2  0.000000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  24.7 
 
 		 407 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  27.55 
 
 		 397 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  26.39 
 
 		 401 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 		 404 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  28.1 
 
 		 629 aa  80.9  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  26.86 
 
 		 410 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 459 aa  79.3  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  27.8 
 
 		 546 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.63 
 
 		 400 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  28.53 
 
 		 537 aa  79  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 581 aa  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1081  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 		 468 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 530 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.46 
 
 		 454 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 523 aa  77.8  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  27.3 
 
 		 491 aa  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  27.37 
 
 		 460 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  28.77 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  26.1 
 
 		 418 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3399  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 		 582 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.51 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 		 627 aa  77  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 472 aa  76.6  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  25.16 
 
 		 525 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  27.1 
 
 		 500 aa  76.3  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 		 428 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 457 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.46 
 
 		 432 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 		 607 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 		 402 aa  74.7  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  29.92 
 
 		 407 aa  74.7  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  29.15 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 552 aa  73.9  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  26.44 
 
 		 475 aa  73.6  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 512 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  23.91 
 
 		 396 aa  73.2  0.000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  25.93 
 
 		 382 aa  72.4  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  25.55 
 
 		 427 aa  72.8  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 460 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 		 502 aa  72.4  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 599 aa  72  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  27.06 
 
 		 550 aa  72  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.19 
 
 		 486 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  26.41 
 
 		 384 aa  72  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 468 aa  72  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 516 aa  71.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  26.03 
 
 		 416 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  26.02 
 
 		 472 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  28.62 
 
 		 473 aa  71.2  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 513 aa  71.2  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 416 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 516 aa  71.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 416 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.14 
 
 		 507 aa  70.9  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  27.64 
 
 		 650 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  25.16 
 
 		 383 aa  70.5  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  29.61 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.51 
 
 		 587 aa  70.1  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 404 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  27.24 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  30.49 
 
 		 381 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  26.16 
 
 		 500 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>