197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3249 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3020  hypothetical protein  31.71 
 
 		 2762 aa  1013    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.664598  normal  0.0507807 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3249  Rhs family protein-like  100 
 
 		 2513 aa  5175    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0137  Integrins alpha chain  29.54 
 
 		 2497 aa  609  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  26.63 
 
 		 2413 aa  484  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  31.88 
 
 		 2428 aa  239  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  25.94 
 
 		 2283 aa  224  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  26.17 
 
 		 2401 aa  222  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  25.92 
 
 		 2437 aa  220  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  27.29 
 
 		 2017 aa  207  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  26.97 
 
 		 1834 aa  203  3e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  25.85 
 
 		 3333 aa  203  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  26.67 
 
 		 2402 aa  199  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 2448 aa  197  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0201  hypothetical protein  28.87 
 
 		 722 aa  189  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  33.52 
 
 		 2416 aa  175  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02052  hypothetical protein  34.14 
 
 		 1854 aa  169  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.91 
 
 		 2094 aa  167  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  24.4 
 
 		 2075 aa  167  3e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  37.45 
 
 		 2165 aa  157  2.9999999999999998e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02048  hypothetical protein  38.72 
 
 		 583 aa  152  9e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2167  YD repeat-containing protein  30.7 
 
 		 622 aa  134  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  31.39 
 
 		 482 aa  122  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  31.84 
 
 		 474 aa  120  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  24.85 
 
 		 2138 aa  117  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  24.75 
 
 		 2145 aa  105  8e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  26.01 
 
 		 1517 aa  105  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1054  YD repeat-containing protein  24.01 
 
 		 2286 aa  102  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.740201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.29 
 
 		 2096 aa  101  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  25.35 
 
 		 2290 aa  97.1  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  22.85 
 
 		 2035 aa  96.3  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  27.36 
 
 		 628 aa  95.5  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1240  YD repeat-containing protein  29.09 
 
 		 1328 aa  92  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  24.9 
 
 		 2117 aa  90.9  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1512  YD repeat protein  22.58 
 
 		 2059 aa  90.5  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384432 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  24.97 
 
 		 2007 aa  90.5  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  22.49 
 
 		 927 aa  89.7  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  23.12 
 
 		 1976 aa  85.5  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  23.04 
 
 		 1352 aa  85.1  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.33 
 
 		 1942 aa  82  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.03 
 
 		 1840 aa  82  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  29.26 
 
 		 2494 aa  81.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2269  YD repeat protein  31.94 
 
 		 2479 aa  80.9  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  30.07 
 
 		 1053 aa  79.3  0.0000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  31.54 
 
 		 554 aa  79.3  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  23.45 
 
 		 1271 aa  77.8  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  22.8 
 
 		 1917 aa  77  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2907  hypothetical protein  63.27 
 
 		 340 aa  76.3  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.621044 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1050  YD repeat-containing protein  23.7 
 
 		 1157 aa  75.5  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4251  YD repeat-containing protein  22.56 
 
 		 1628 aa  75.5  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.196463  normal  0.674162 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1558  YD repeat-containing protein  28.33 
 
 		 3320 aa  74.7  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  22.03 
 
 		 2443 aa  74.7  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  23.68 
 
 		 690 aa  75.1  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  23.04 
 
 		 3456 aa  73.6  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  26.51 
 
 		 869 aa  73.6  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3614  Ham1-like protein  47.06 
 
 		 254 aa  73.2  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.73185  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  21.56 
 
 		 2510 aa  73.2  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.78 
 
 		 1669 aa  72.8  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1230  YD repeat protein  24.2 
 
 		 2191 aa  71.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.249326 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 2032 aa  71.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  24.65 
 
 		 2076 aa  71.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  22.68 
 
 		 1140 aa  71.6  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0606  Rhs family protein  25.81 
 
 		 2031 aa  70.5  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  24.76 
 
 		 2942 aa  70.1  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  22.93 
 
 		 3273 aa  69.3  0.0000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0622  FG-GAP/YD repeat-containing protein  25.54 
 
 		 2031 aa  68.6  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0008  FG-GAP/YD repeat-containing protein  25.4 
 
 		 1806 aa  67.4  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.957829  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2855  FG-GAP/YD repeat-containing protein  25.4 
 
 		 1825 aa  67  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2231  FG-GAP/YD repeat-containing protein  25.4 
 
 		 1825 aa  67  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.685998  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  22.16 
 
 		 1577 aa  66.6  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  22.77 
 
 		 2003 aa  66.2  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  24.86 
 
 		 1681 aa  65.9  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1600 aa  65.5  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  23.06 
 
 		 2486 aa  64.7  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0792  FG-GAP/YD repeat-containing protein  21.3 
 
 		 2031 aa  63.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766885  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  26.61 
 
 		 2349 aa  62.8  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  23.57 
 
 		 741 aa  62.4  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.56 
 
 		 2149 aa  62  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0136  hypothetical protein  47.06 
 
 		 321 aa  62  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  27.43 
 
 		 2658 aa  62.4  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  24.35 
 
 		 1599 aa  61.6  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0177  hypothetical protein  36.47 
 
 		 232 aa  60.5  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  21.08 
 
 		 1959 aa  60.1  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6407  YD repeat protein  24.69 
 
 		 2194 aa  60.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.524494 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  25.59 
 
 		 423 aa  60.1  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  22.1 
 
 		 903 aa  59.7  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0948  insecticidal toxin protein, putative  24.05 
 
 		 942 aa  58.9  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.920867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  25.69 
 
 		 2374 aa  59.3  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  21.29 
 
 		 1732 aa  58.9  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1560  YD repeat-containing protein  23.83 
 
 		 1126 aa  58.2  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4343  insecticidal toxin protein, putative  25.94 
 
 		 1446 aa  58.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1414  hypothetical protein  24.5 
 
 		 2534 aa  58.5  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.733329 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  23.66 
 
 		 788 aa  57.8  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  23.66 
 
 		 788 aa  57.8  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0947  insecticidal toxin protein, putative  24.17 
 
 		 893 aa  57.8  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.81125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  22.38 
 
 		 1446 aa  57.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  25.48 
 
 		 765 aa  57.4  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  23.34 
 
 		 1433 aa  57.4  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  21.28 
 
 		 2554 aa  57.4  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  24.32 
 
 		 1953 aa  57  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1458  hypothetical protein  43.08 
 
 		 391 aa  56.6  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>