More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3143 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3143  hypothetical protein  100 
 
 		 459 aa  910    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  62.17 
 
 		 452 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  62.39 
 
 		 452 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  61.95 
 
 		 452 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  61.95 
 
 		 452 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  61.73 
 
 		 452 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  61.28 
 
 		 452 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1650  hypothetical protein  57.72 
 
 		 462 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0185  diguanylate cyclase  57.72 
 
 		 462 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0276  diguanylate cyclase  57.94 
 
 		 462 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0208  GGDEF domain-containing protein  55.26 
 
 		 462 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.35 
 
 		 460 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 466 aa  319  6e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02988  hypothetical protein  33.64 
 
 		 478 aa  203  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.118502  normal  0.851558 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 469 aa  181  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.51 
 
 		 1262 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 465 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 334 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.4 
 
 		 463 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 327 aa  146  8.000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 553 aa  146  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  46.63 
 
 		 494 aa  146  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 547 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 335 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  43.32 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 538 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 334 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1695  sensory box/GGDEF family protein  41.67 
 
 		 318 aa  143  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  43.04 
 
 		 574 aa  144  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  46.25 
 
 		 344 aa  143  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  47.31 
 
 		 390 aa  143  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 333 aa  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 357 aa  143  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  39.33 
 
 		 1034 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1412  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  44.51 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2757  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 316 aa  141  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.32 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  42.25 
 
 		 327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 455 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 372 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.67 
 
 		 960 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2841  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 342 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0625712 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 334 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1513  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 342 aa  140  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.374714  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1540  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 342 aa  140  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.918796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1504  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 342 aa  140  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 453 aa  139  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2582  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.929496 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 315 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 518 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 352 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  47.16 
 
 		 310 aa  139  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 340 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 578 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 350 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2649  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 339 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.437238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 354 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 890 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 890 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.41 
 
 		 664 aa  138  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  44.13 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 354 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.06 
 
 		 483 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  43.75 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  46.29 
 
 		 536 aa  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 625 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 559 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 353 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 503 aa  137  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  48.57 
 
 		 343 aa  136  6.0000000000000005e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 510 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 357 aa  136  7.000000000000001e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 625 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.89 
 
 		 949 aa  136  7.000000000000001e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 344 aa  136  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  45.61 
 
 		 1644 aa  136  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 625 aa  136  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 902 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 533 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 628 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  40 
 
 		 621 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 630 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 516 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 309 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  40 
 
 		 628 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 578 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 498 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 628 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>