More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02988 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02988  hypothetical protein  100 
 
 		 478 aa  956    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.118502  normal  0.851558 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3883  putative transmembrane protein  78.86 
 
 		 308 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.514734 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3996  hypothetical protein  78.86 
 
 		 308 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.291096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1485  two-component hybrid sensor and regulator  48.11 
 
 		 575 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1352  putative membrane sensor histidine kinase  47.77 
 
 		 575 aa  272  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1345  putative membrane sensor histidine kinase  47.42 
 
 		 575 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2882  two-component hybrid sensor and regulator  47.6 
 
 		 740 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2521  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.75 
 
 		 594 aa  256  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533071  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.18 
 
 		 936 aa  247  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3498  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.9 
 
 		 596 aa  246  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492042 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5329  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.06 
 
 		 595 aa  243  7e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4526  histidine kinase  47.08 
 
 		 582 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.218354 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4393  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.08 
 
 		 582 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3926  histidine kinase  48.44 
 
 		 598 aa  240  5e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3594  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.6 
 
 		 598 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 452 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 452 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 452 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 452 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 452 aa  226  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 452 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 460 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 466 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1650  hypothetical protein  32.89 
 
 		 462 aa  201  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0276  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 462 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0185  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 462 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3143  hypothetical protein  33.41 
 
 		 459 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0208  GGDEF domain-containing protein  32.67 
 
 		 462 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 		 538 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 339 aa  146  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 516 aa  143  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 516 aa  143  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 522 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.97 
 
 		 843 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 465 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 341 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.54 
 
 		 960 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.9 
 
 		 1262 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  39.42 
 
 		 505 aa  133  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 591 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  43.35 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  43.35 
 
 		 528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 660 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 481 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 660 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 481 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 510 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 510 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 510 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 		 487 aa  130  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  41.44 
 
 		 1643 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 327 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  40 
 
 		 492 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  42.05 
 
 		 488 aa  128  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 732 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 492 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 492 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 492 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 370 aa  127  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 732 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 503 aa  127  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.89 
 
 		 344 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 534 aa  126  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 507 aa  126  9e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.32 
 
 		 536 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 		 506 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 479 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 308 aa  124  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 340 aa  124  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 422 aa  124  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 524 aa  124  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 630 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  41.71 
 
 		 1637 aa  123  6e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.98 
 
 		 664 aa  123  6e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  40 
 
 		 346 aa  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.42 
 
 		 506 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 489 aa  123  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 484 aa  123  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  39.43 
 
 		 480 aa  123  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 489 aa  123  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 510 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 499 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  36 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 542 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 499 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 499 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  34.24 
 
 		 641 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 547 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 330 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  38 
 
 		 492 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 620 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>