More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00354 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  100 
 
 		 1368 aa  2802    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  43.21 
 
 		 1558 aa  769    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  63.61 
 
 		 1710 aa  1445    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  47.08 
 
 		 1681 aa  890    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  46.9 
 
 		 1599 aa  895    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  42.26 
 
 		 818 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  29.54 
 
 		 1464 aa  203  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  29.57 
 
 		 3027 aa  176  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  32.67 
 
 		 499 aa  172  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.82 
 
 		 2096 aa  172  5e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  31.78 
 
 		 587 aa  164  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  30.73 
 
 		 2277 aa  161  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  29.09 
 
 		 681 aa  159  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.53 
 
 		 1600 aa  154  8e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.44 
 
 		 2035 aa  150  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  30.38 
 
 		 1352 aa  149  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  27.41 
 
 		 2149 aa  148  6e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.23 
 
 		 1271 aa  143  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  27.99 
 
 		 1467 aa  136  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  28.64 
 
 		 881 aa  131  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  27.16 
 
 		 3689 aa  127  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.31 
 
 		 1485 aa  124  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  22.43 
 
 		 1530 aa  116  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.44 
 
 		 1547 aa  114  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.86 
 
 		 1527 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  26.56 
 
 		 1520 aa  114  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.92 
 
 		 1953 aa  113  3e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.38 
 
 		 1550 aa  112  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  23.65 
 
 		 1517 aa  111  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  24.26 
 
 		 1551 aa  111  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  25.05 
 
 		 934 aa  109  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  27.06 
 
 		 1626 aa  108  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3796  YD repeat-containing protein  30.22 
 
 		 422 aa  108  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.982597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.38 
 
 		 1568 aa  107  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  30.04 
 
 		 1602 aa  107  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  28.4 
 
 		 1197 aa  106  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  30.17 
 
 		 1488 aa  106  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  30.16 
 
 		 1609 aa  106  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  25.85 
 
 		 1981 aa  106  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  26.03 
 
 		 2294 aa  105  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  28.44 
 
 		 1595 aa  105  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.13 
 
 		 1259 aa  105  6e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.28 
 
 		 1518 aa  105  7e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  28.44 
 
 		 1586 aa  104  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  26.27 
 
 		 1046 aa  104  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  24.47 
 
 		 1565 aa  104  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  24.47 
 
 		 1565 aa  104  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  23.59 
 
 		 1611 aa  103  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  28.48 
 
 		 1620 aa  103  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  25.69 
 
 		 1543 aa  102  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  27.13 
 
 		 1429 aa  102  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  39.77 
 
 		 903 aa  102  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.69 
 
 		 1552 aa  102  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  39.77 
 
 		 889 aa  101  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  27.99 
 
 		 1572 aa  101  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  30.89 
 
 		 1381 aa  101  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.45 
 
 		 1576 aa  100  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  26.06 
 
 		 3073 aa  101  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.31 
 
 		 1528 aa  101  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  26.04 
 
 		 1390 aa  100  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  27.7 
 
 		 1614 aa  100  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  25.58 
 
 		 1345 aa  100  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  25.58 
 
 		 1345 aa  100  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  25.49 
 
 		 1509 aa  99.4  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  34.86 
 
 		 913 aa  99.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  27.25 
 
 		 1434 aa  99  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.48 
 
 		 1485 aa  99  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1586 aa  98.6  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  26.71 
 
 		 1959 aa  98.6  7e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  27.57 
 
 		 6272 aa  98.6  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  25.58 
 
 		 1008 aa  98.2  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  25.58 
 
 		 1008 aa  98.2  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  24.67 
 
 		 1362 aa  97.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  25.89 
 
 		 2731 aa  96.3  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  23.68 
 
 		 1531 aa  96.3  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  26.7 
 
 		 1579 aa  96.3  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  26.7 
 
 		 1428 aa  96.7  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  29.86 
 
 		 917 aa  95.9  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  26.99 
 
 		 613 aa  95.5  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  26.43 
 
 		 1593 aa  95.1  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  30.14 
 
 		 920 aa  95.1  9e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.37 
 
 		 1560 aa  94.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  28.34 
 
 		 1268 aa  94.4  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  23.7 
 
 		 1494 aa  94.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  23.7 
 
 		 1494 aa  94.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  23.9 
 
 		 1699 aa  93.6  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.75 
 
 		 1840 aa  94  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  28.14 
 
 		 1411 aa  94  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  28.82 
 
 		 1405 aa  93.6  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  29.71 
 
 		 1421 aa  94  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  27.1 
 
 		 1405 aa  94  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  25.21 
 
 		 1495 aa  93.6  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  24.87 
 
 		 1348 aa  92.8  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  28.14 
 
 		 1397 aa  92  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  27.99 
 
 		 1539 aa  91.7  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  29 
 
 		 1409 aa  90.9  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  30.1 
 
 		 1400 aa  91.3  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  27.27 
 
 		 1553 aa  90.9  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  28.14 
 
 		 1365 aa  91.3  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  24.86 
 
 		 1583 aa  91.3  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>