More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1357 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  100 
 
 		 508 aa  1038    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  63.52 
 
 		 495 aa  639    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  60.99 
 
 		 493 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  61.35 
 
 		 493 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  60.57 
 
 		 493 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  48.64 
 
 		 487 aa  450  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 486 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 486 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 486 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 486 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 485 aa  436  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  44.79 
 
 		 485 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  45 
 
 		 485 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 486 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 485 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 485 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 485 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 485 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  41.84 
 
 		 512 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 490 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 490 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  40.53 
 
 		 498 aa  372  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 490 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 491 aa  359  7e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  38.16 
 
 		 477 aa  337  2.9999999999999997e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 476 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 477 aa  312  9e-84  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 477 aa  306  4.0000000000000004e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  27.4 
 
 		 474 aa  163  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.25 
 
 		 302 aa  152  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 252 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 532 aa  147  6e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 227 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 736 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 354 aa  145  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 202 aa  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  45.4 
 
 		 457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 496 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 459 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03889  diguanylate cyclase  24.42 
 
 		 461 aa  140  4.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 634 aa  140  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 417 aa  140  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 775 aa  140  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.91 
 
 		 466 aa  140  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  45.4 
 
 		 457 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 464 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  44.1 
 
 		 312 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 417 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  45.4 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 432 aa  139  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 220 aa  138  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  44.17 
 
 		 457 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 821 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.16 
 
 		 791 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 458 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 735 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 362 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 501 aa  136  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 466 aa  136  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 460 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.19 
 
 		 419 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 351 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 753 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 307 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.44 
 
 		 461 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  44.17 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 427 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 768 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.76 
 
 		 1078 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 304 aa  134  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 661 aa  134  6e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 373 aa  133  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  28.01 
 
 		 555 aa  134  6e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 382 aa  133  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  43.9 
 
 		 328 aa  133  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 492 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 351 aa  133  9e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 349 aa  133  9e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 800 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.42 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  37.65 
 
 		 712 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 386 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  27.92 
 
 		 487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 454 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 312 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 454 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  31.04 
 
 		 502 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 405 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 632 aa  131  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 564 aa  131  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>