More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0735 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0735  diguanylate cyclase  100 
 
 		 375 aa  751    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 350 aa  160  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 722 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 422 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 630 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 518 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 464 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 452 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 452 aa  133  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 578 aa  132  9e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 452 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 452 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  38.95 
 
 		 628 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  33.82 
 
 		 364 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 452 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 452 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 422 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 319 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 485 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  46.43 
 
 		 455 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.81 
 
 		 531 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 522 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.21 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 533 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  44.83 
 
 		 626 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 306 aa  126  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 405 aa  126  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3384  diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 481 aa  126  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32659  normal  0.816188 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 464 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.21 
 
 		 310 aa  125  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  39.55 
 
 		 626 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 460 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  40 
 
 		 377 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 502 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.92 
 
 		 461 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  43.53 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40.91 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  34.48 
 
 		 603 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  44.44 
 
 		 509 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.57 
 
 		 316 aa  123  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  41.46 
 
 		 457 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 631 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 340 aa  123  6e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 629 aa  122  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 555 aa  122  8e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  36.87 
 
 		 555 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 564 aa  122  9e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 498 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  42.94 
 
 		 457 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 338 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 553 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 624 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  38.38 
 
 		 641 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.1 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.83 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 479 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  41.87 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 571 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 901 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 625 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 532 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 621 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  34.38 
 
 		 588 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.86 
 
 		 531 aa  121  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 625 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  39.67 
 
 		 522 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 457 aa  121  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 510 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 492 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 352 aa  120  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 510 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.94 
 
 		 457 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 625 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 510 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 624 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  41.71 
 
 		 796 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 492 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  36.32 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  41.87 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>