More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4936 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  45.23 
 
 		 1836 aa  1312    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  42.75 
 
 		 2090 aa  947    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  41.42 
 
 		 1952 aa  961    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  43.73 
 
 		 1523 aa  877    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  42.11 
 
 		 1955 aa  986    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  41.53 
 
 		 1967 aa  1236    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  100 
 
 		 1980 aa  3993    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  47.39 
 
 		 1797 aa  1176    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  42.42 
 
 		 1976 aa  1248    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  43.73 
 
 		 1523 aa  877    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  44.01 
 
 		 1529 aa  868    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  34.78 
 
 		 1386 aa  537  1e-151  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  36.02 
 
 		 1623 aa  516  1e-144  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  35.24 
 
 		 957 aa  434  1e-120  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  33.45 
 
 		 1174 aa  421  1e-116  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.38 
 
 		 1184 aa  409  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  33.02 
 
 		 1176 aa  393  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  33.64 
 
 		 1175 aa  386  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  32.7 
 
 		 1026 aa  369  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  33.24 
 
 		 1231 aa  348  7e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  28.42 
 
 		 944 aa  202  7e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  30.64 
 
 		 946 aa  160  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2356  DNA primase catalytic core-like  39.64 
 
 		 641 aa  149  6e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0899243  normal  0.576485 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  29.79 
 
 		 945 aa  144  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  28 
 
 		 872 aa  139  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2022  TrwC relaxase  27.53 
 
 		 1112 aa  130  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  28.37 
 
 		 998 aa  129  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  32.04 
 
 		 601 aa  125  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2156  DNA primase  32.11 
 
 		 642 aa  124  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  27.33 
 
 		 1223 aa  122  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  25.47 
 
 		 918 aa  122  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  29.01 
 
 		 1000 aa  122  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  29.01 
 
 		 1000 aa  122  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  28.51 
 
 		 1034 aa  122  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  28.76 
 
 		 1107 aa  121  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  27.6 
 
 		 974 aa  121  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  31.21 
 
 		 866 aa  120  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2169  DNA primase  32.68 
 
 		 651 aa  119  6.9999999999999995e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.403807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  29.21 
 
 		 968 aa  117  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  28.09 
 
 		 976 aa  117  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  33.97 
 
 		 623 aa  117  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  27.85 
 
 		 1039 aa  116  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  28.09 
 
 		 976 aa  117  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  30.6 
 
 		 1025 aa  116  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06330  DNA primase  33.23 
 
 		 636 aa  115  6e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  27.51 
 
 		 952 aa  115  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  28.7 
 
 		 998 aa  115  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11920  DNA primase  34.73 
 
 		 652 aa  115  1.0000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.042879  normal  0.210825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  27.95 
 
 		 952 aa  114  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.96 
 
 		 1356 aa  113  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13980  DNA primase  32.55 
 
 		 656 aa  113  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  36.95 
 
 		 587 aa  114  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0840  DNA primase  37.12 
 
 		 654 aa  113  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  25.75 
 
 		 1035 aa  112  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  32.01 
 
 		 595 aa  112  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  27.99 
 
 		 1107 aa  112  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1788  DNA primase  34.2 
 
 		 667 aa  112  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0286526  normal  0.367245 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  28.04 
 
 		 1100 aa  112  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3449  DNA primase  33.33 
 
 		 646 aa  112  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.91477 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  33.68 
 
 		 617 aa  112  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  27.08 
 
 		 881 aa  111  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1522  DNA primase  32.82 
 
 		 634 aa  111  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0736351 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1292  DNA primase  33.02 
 
 		 694 aa  111  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.320597 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  32.75 
 
 		 616 aa  111  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3425  DNA primase  34.88 
 
 		 632 aa  110  3e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  27.02 
 
 		 985 aa  110  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  28.57 
 
 		 982 aa  110  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.43 
 
 		 1123 aa  109  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  26.63 
 
 		 1520 aa  109  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0462  DNA primase  36.98 
 
 		 559 aa  109  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0617  DNA primase  27.59 
 
 		 595 aa  109  6e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.912448  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1187  DNA primase  34.26 
 
 		 645 aa  108  8e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0271  DNA primase  31.14 
 
 		 675 aa  108  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.59752  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3802  DNA primase  34.72 
 
 		 627 aa  108  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1716  DNA primase  32.37 
 
 		 626 aa  108  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  32.84 
 
 		 593 aa  108  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3468  DNA primase catalytic core domain protein  39.47 
 
 		 555 aa  108  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0196475  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  36.72 
 
 		 629 aa  108  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0602  DNA primase  29.57 
 
 		 636 aa  108  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1374  DNA primase  33.07 
 
 		 644 aa  107  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000143214 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  34.38 
 
 		 656 aa  107  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.55 
 
 		 1105 aa  107  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1050  DNA primase  33.22 
 
 		 718 aa  107  2e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.96 
 
 		 1102 aa  107  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.47 
 
 		 1095 aa  107  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  26.65 
 
 		 1102 aa  107  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  28.06 
 
 		 1006 aa  107  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09401  DNA primase  31.14 
 
 		 625 aa  106  4e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.029627  normal  0.0569121 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  27.21 
 
 		 1100 aa  106  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  34.11 
 
 		 629 aa  106  5e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  29.59 
 
 		 1208 aa  106  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  29.69 
 
 		 595 aa  106  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0397  DNA primase  34.01 
 
 		 643 aa  105  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  29.69 
 
 		 595 aa  105  7e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  31.38 
 
 		 601 aa  105  7e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  26.23 
 
 		 1102 aa  105  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3142  DNA primase  33.08 
 
 		 639 aa  105  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1799  DNA primase  34.38 
 
 		 616 aa  105  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.35 
 
 		 1245 aa  105  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09410  DNA primase, catalytic core  31.21 
 
 		 618 aa  105  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.967138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>