More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1050 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1050  DNA primase  100 
 
 		 718 aa  1486    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0904  DNA primase  70.2 
 
 		 699 aa  997    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2156  DNA primase  41.57 
 
 		 642 aa  513  1e-144  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2169  DNA primase  42.41 
 
 		 651 aa  512  1e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.403807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1522  DNA primase  41.7 
 
 		 634 aa  511  1e-143  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0736351 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13980  DNA primase  41.13 
 
 		 656 aa  501  1e-140  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1788  DNA primase  41.22 
 
 		 667 aa  496  1e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0286526  normal  0.367245 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06330  DNA primase  44.06 
 
 		 636 aa  492  9.999999999999999e-139  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11920  DNA primase  41.6 
 
 		 652 aa  487  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.042879  normal  0.210825 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16970  DNA primase  38.45 
 
 		 658 aa  481  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.522082  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1374  DNA primase  43.54 
 
 		 644 aa  481  1e-134  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000143214 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1338  DNA primase  43.33 
 
 		 628 aa  471  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.433596  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  38.86 
 
 		 629 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2739  DNA primase  37.3 
 
 		 641 aa  451  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1799  DNA primase  47.95 
 
 		 616 aa  445  1e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  49.78 
 
 		 616 aa  442  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3802  DNA primase  48.22 
 
 		 627 aa  436  1e-121  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1187  DNA primase  51.02 
 
 		 645 aa  438  1e-121  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3425  DNA primase  47.41 
 
 		 632 aa  437  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1275  DNA primase  37.03 
 
 		 629 aa  436  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7022  DNA primase  48.7 
 
 		 700 aa  432  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.210771  normal  0.1359 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1932  DNA primase  40.87 
 
 		 648 aa  431  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0456378  hitchhiker  0.00240757 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12367  DNA primase  37.46 
 
 		 639 aa  432  1e-119  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  40.82 
 
 		 623 aa  429  1e-118  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0806  DNA primase  49.23 
 
 		 655 aa  425  1e-117  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0702707 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13800  DNA primase  46.52 
 
 		 657 aa  419  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0288236  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  39.6 
 
 		 656 aa  421  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3361  DNA primase  48.17 
 
 		 629 aa  421  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0761003  normal  0.0199865 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3142  DNA primase  36.65 
 
 		 639 aa  416  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3814  DNA primase  37.21 
 
 		 649 aa  410  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280828  normal  0.471338 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3453  DNA primase  37.82 
 
 		 640 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.293123 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3442  DNA primase  37.82 
 
 		 640 aa  406  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.605916  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3505  DNA primase  37.82 
 
 		 640 aa  406  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.663406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  40.31 
 
 		 624 aa  404  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1675  DNA primase  48.43 
 
 		 628 aa  399  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.315032  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2722  DNA primase  37.27 
 
 		 647 aa  394  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  40.17 
 
 		 629 aa  391  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1947  DNA primase  35.69 
 
 		 932 aa  374  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.825575  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0825  DNA primase  38.38 
 
 		 655 aa  275  2.0000000000000002e-72  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.263135  hitchhiker  0.0000451849 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1716  DNA primase  33.03 
 
 		 626 aa  265  3e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  33.77 
 
 		 583 aa  264  4e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  33.55 
 
 		 582 aa  261  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  30.65 
 
 		 600 aa  260  6e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09410  DNA primase, catalytic core  35.84 
 
 		 618 aa  257  6e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.967138 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  33.4 
 
 		 599 aa  256  8e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  33.21 
 
 		 588 aa  256  9e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  28.78 
 
 		 626 aa  254  5.000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  33.92 
 
 		 587 aa  254  6e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  33.54 
 
 		 588 aa  248  3e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3090  DNA primase  33.56 
 
 		 587 aa  243  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  31.69 
 
 		 604 aa  240  5.999999999999999e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1681  DNA primase  36.51 
 
 		 592 aa  239  1e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.10447 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  42.76 
 
 		 619 aa  239  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2268  DNA primase  33.74 
 
 		 587 aa  238  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  33.2 
 
 		 605 aa  238  3e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3050  DNA primase  33.71 
 
 		 584 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.233907  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07990  DNA primase, catalytic core  33.8 
 
 		 642 aa  237  6e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.160485 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0491  DNA primase  33.48 
 
 		 599 aa  237  6e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.34781  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  35.22 
 
 		 587 aa  236  1.0000000000000001e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1292  DNA primase  36.18 
 
 		 694 aa  234  4.0000000000000004e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.320597 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  33.96 
 
 		 599 aa  234  5e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0315  DNA primase  33.13 
 
 		 655 aa  233  7.000000000000001e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1261  DNA primase  36.03 
 
 		 588 aa  233  8.000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1224  DNA primase  31.93 
 
 		 564 aa  233  1e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.533717  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  33.48 
 
 		 601 aa  233  1e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  28.92 
 
 		 544 aa  231  2e-59  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000106361  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2679  DNA primase  35.21 
 
 		 604 aa  231  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  31.93 
 
 		 595 aa  231  5e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 604 aa  230  7e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  31.03 
 
 		 598 aa  230  7e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  34.64 
 
 		 660 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  31.53 
 
 		 581 aa  229  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  31.53 
 
 		 581 aa  229  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  31.53 
 
 		 581 aa  228  3e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  31.53 
 
 		 581 aa  228  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  31.53 
 
 		 581 aa  228  3e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0313  DNA primase  35.48 
 
 		 578 aa  228  3e-58  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  31.28 
 
 		 666 aa  228  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  31.53 
 
 		 581 aa  228  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  31.76 
 
 		 581 aa  228  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  31.53 
 
 		 581 aa  228  3e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  32.25 
 
 		 641 aa  228  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  31.53 
 
 		 581 aa  228  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  32.24 
 
 		 601 aa  228  4e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  31.53 
 
 		 581 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  33.26 
 
 		 655 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0256  DNA primase  32.88 
 
 		 652 aa  227  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.230248  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  32.55 
 
 		 651 aa  226  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  33.55 
 
 		 660 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0326  DNA primase  31.72 
 
 		 539 aa  226  2e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  33.91 
 
 		 660 aa  226  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  32.63 
 
 		 652 aa  225  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  33.33 
 
 		 660 aa  224  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  32.09 
 
 		 613 aa  224  4.9999999999999996e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1502  DNA primase  34.98 
 
 		 583 aa  224  4.9999999999999996e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00809258  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  32.06 
 
 		 582 aa  223  8e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5973  DNA primase  33 
 
 		 703 aa  223  9e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  33.04 
 
 		 663 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0761  DNA primase  32.6 
 
 		 607 aa  223  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.139011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  33.04 
 
 		 664 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>