More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0422 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0388  DNA primase  99.55 
 
 		 660 aa  1356    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  97.88 
 
 		 660 aa  1334    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  81.15 
 
 		 652 aa  1083    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  81.3 
 
 		 651 aa  1085    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  75.41 
 
 		 663 aa  1016    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  80.64 
 
 		 655 aa  1077    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  71.9 
 
 		 663 aa  955    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  96.97 
 
 		 660 aa  1324    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  73.52 
 
 		 638 aa  963    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  72.8 
 
 		 664 aa  942    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  100 
 
 		 660 aa  1361    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  46.73 
 
 		 656 aa  555  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  49.82 
 
 		 666 aa  525  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  55.66 
 
 		 582 aa  500  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  55.66 
 
 		 582 aa  500  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  55.66 
 
 		 582 aa  500  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  54.23 
 
 		 581 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  54.23 
 
 		 581 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  54.46 
 
 		 581 aa  495  9.999999999999999e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  42.37 
 
 		 581 aa  494  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  54.23 
 
 		 581 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  54.23 
 
 		 581 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  54.23 
 
 		 581 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  54.32 
 
 		 588 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  55.43 
 
 		 582 aa  494  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  54.23 
 
 		 581 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  54 
 
 		 581 aa  489  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  54.97 
 
 		 584 aa  489  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  54 
 
 		 581 aa  489  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  54.27 
 
 		 584 aa  488  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  53.48 
 
 		 581 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  53.48 
 
 		 581 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  53.48 
 
 		 581 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  53.24 
 
 		 586 aa  488  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  53.62 
 
 		 584 aa  486  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  53.48 
 
 		 581 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  54.27 
 
 		 584 aa  488  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  53.48 
 
 		 581 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  56.72 
 
 		 576 aa  477  1e-133  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  42.35 
 
 		 617 aa  477  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  50.73 
 
 		 609 aa  474  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  44.07 
 
 		 613 aa  473  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  53.1 
 
 		 586 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2993  DNA primase  53.62 
 
 		 571 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  52.07 
 
 		 585 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  54.26 
 
 		 576 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  53.36 
 
 		 574 aa  459  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0311  DNA primase  49.21 
 
 		 583 aa  456  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  55.94 
 
 		 576 aa  456  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1039  DNA primase  51.87 
 
 		 588 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00521157  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  52.36 
 
 		 575 aa  456  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  52.97 
 
 		 574 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  52.97 
 
 		 574 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  52.73 
 
 		 574 aa  452  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  51.65 
 
 		 573 aa  450  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  52.73 
 
 		 574 aa  452  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  52.12 
 
 		 574 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04097  DNA primase  52.93 
 
 		 582 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  51.89 
 
 		 574 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  52.12 
 
 		 574 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  51.65 
 
 		 574 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  53.32 
 
 		 579 aa  445  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  52.36 
 
 		 601 aa  445  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  50.94 
 
 		 575 aa  443  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1807  DNA primase  52.38 
 
 		 577 aa  443  1e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  51.89 
 
 		 574 aa  445  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000553498  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1739  DNA primase  52.39 
 
 		 577 aa  445  1e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.768816  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  51.31 
 
 		 574 aa  444  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1100  DNA primase  41.38 
 
 		 614 aa  442  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  49.77 
 
 		 592 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1236  DNA primase  49.22 
 
 		 584 aa  441  9.999999999999999e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00798045  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2387  DNA primase  50 
 
 		 565 aa  430  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  43.3 
 
 		 645 aa  430  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0264  DNA primase  40.74 
 
 		 594 aa  429  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.822275  normal  0.137236 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1783  DNA primase  42.21 
 
 		 553 aa  427  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.461465  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0394  DNA primase  42.21 
 
 		 572 aa  427  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5044  DNA primase  46.15 
 
 		 677 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.764772  normal  0.79995 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2028  DNA primase  50.91 
 
 		 603 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  48.96 
 
 		 577 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  48.73 
 
 		 578 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0887  DNA primase  52.26 
 
 		 604 aa  421  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612944  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1763  DNA primase  47.1 
 
 		 659 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586276  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2421  DNA primase  50.68 
 
 		 603 aa  419  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  46.23 
 
 		 598 aa  416  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0617  DNA primase  45.29 
 
 		 595 aa  417  9.999999999999999e-116  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.912448  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2216  DNA primase  50.91 
 
 		 603 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  41.67 
 
 		 660 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0462  DNA primase  48.93 
 
 		 559 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  41.14 
 
 		 676 aa  410  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0527  DNA primase  51.46 
 
 		 578 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2607  DNA primase  51.25 
 
 		 613 aa  412  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.496345  normal  0.674189 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1417  DNA primase  42.99 
 
 		 652 aa  411  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1190  DNA primase  48.08 
 
 		 631 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0659  DNA primase  49.18 
 
 		 583 aa  403  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.250836  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2323  DNA primase  49.88 
 
 		 576 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128644  hitchhiker  0.00849609 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1407  DNA primase  45.8 
 
 		 674 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2484  DNA primase  47.7 
 
 		 658 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3137  DNA primase  47.7 
 
 		 653 aa  398  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4814  DNA primase  47.42 
 
 		 636 aa  393  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2203  DNA primase  48.17 
 
 		 625 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.198077  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>