111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0436 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 372 aa  715    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  53.98 
 
 		 384 aa  309  5e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  42.74 
 
 		 367 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  42.2 
 
 		 368 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  43.94 
 
 		 366 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  42.59 
 
 		 385 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  41.24 
 
 		 367 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  43.44 
 
 		 495 aa  241  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  41.12 
 
 		 516 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  41.6 
 
 		 367 aa  234  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  40.16 
 
 		 389 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  44.09 
 
 		 372 aa  233  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  40.86 
 
 		 367 aa  229  4e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  42.01 
 
 		 523 aa  229  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  41.36 
 
 		 552 aa  226  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.29 
 
 		 420 aa  226  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  44.28 
 
 		 407 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  38.2 
 
 		 382 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  40.49 
 
 		 360 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  36.17 
 
 		 379 aa  205  9e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.67 
 
 		 390 aa  203  4e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.29 
 
 		 402 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  37.65 
 
 		 379 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.27 
 
 		 392 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  39.95 
 
 		 412 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  30.65 
 
 		 393 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 		 383 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 		 383 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  29.72 
 
 		 415 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  32.25 
 
 		 417 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.83 
 
 		 412 aa  123  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  33.64 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.18 
 
 		 406 aa  119  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  34.25 
 
 		 431 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  31.66 
 
 		 415 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  29.18 
 
 		 466 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  32.58 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  29.93 
 
 		 283 aa  106  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.58 
 
 		 374 aa  99.8  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  30.15 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  30.05 
 
 		 494 aa  95.5  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 		 293 aa  90.1  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  31.36 
 
 		 407 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  32.48 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  32.56 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 395 aa  82.8  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  24.54 
 
 		 436 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.83 
 
 		 399 aa  76.3  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  30.51 
 
 		 406 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.89 
 
 		 239 aa  75.1  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30 
 
 		 407 aa  74.3  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.76 
 
 		 396 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  23.02 
 
 		 418 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  30.82 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 		 295 aa  72  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 		 403 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  33.14 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  24.22 
 
 		 433 aa  70.9  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  24.74 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 389 aa  68.9  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.4 
 
 		 278 aa  67  0.0000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 		 399 aa  66.6  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  32.82 
 
 		 443 aa  66.6  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.13 
 
 		 398 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.82 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  22.75 
 
 		 432 aa  64.7  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.66 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  21.85 
 
 		 403 aa  65.1  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  29.71 
 
 		 398 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  31.28 
 
 		 405 aa  63.2  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  27.35 
 
 		 405 aa  62.8  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 		 405 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  33.14 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  31.82 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2857  cytochrome c biogenesis factor-like protein  30.09 
 
 		 258 aa  58.9  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  20.62 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  20.83 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  22.18 
 
 		 417 aa  57  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  22.56 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  30.43 
 
 		 210 aa  54.3  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2367  TPR repeat-containing protein  29.53 
 
 		 860 aa  52.8  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  21.98 
 
 		 416 aa  52.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  23.66 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  21.4 
 
 		 403 aa  51.6  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  23.13 
 
 		 404 aa  51.6  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  29.94 
 
 		 337 aa  50.4  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  29.94 
 
 		 337 aa  50.4  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  24.03 
 
 		 296 aa  49.7  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0659  TPR repeat-containing protein  31.5 
 
 		 2651 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  20.27 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.96 
 
 		 404 aa  48.5  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0532  tetratricopeptide TPR_4  28.99 
 
 		 2679 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  23.03 
 
 		 237 aa  48.5  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 808 aa  48.9  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  22.22 
 
 		 294 aa  47.8  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  23.19 
 
 		 405 aa  47.8  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  21.99 
 
 		 427 aa  47  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4071  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30 
 
 		 291 aa  46.6  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>