More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01390 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  100 
 
 		 299 aa  617  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 287 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 373 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 601 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 296 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 296 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  31.44 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  30.74 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  30.74 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  29.77 
 
 		 296 aa  125  9e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 354 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.56 
 
 		 722 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  30.11 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  30.83 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  31.2 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 464 aa  122  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.1 
 
 		 617 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2111  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.672445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  28.87 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 521 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.66 
 
 		 792 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  41.67 
 
 		 523 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 451 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 546 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.79 
 
 		 574 aa  119  7.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  30 
 
 		 305 aa  119  9e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  39.38 
 
 		 1076 aa  118  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  40.99 
 
 		 477 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.88 
 
 		 860 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 559 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 456 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.18 
 
 		 772 aa  117  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 432 aa  117  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.85 
 
 		 1466 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 572 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.21 
 
 		 951 aa  116  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 555 aa  115  6e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  41.46 
 
 		 715 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  40 
 
 		 768 aa  115  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 556 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 227 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2071  hypothetical protein  40 
 
 		 512 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  40 
 
 		 768 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2061  hypothetical protein  39.39 
 
 		 512 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.63 
 
 		 416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35.67 
 
 		 474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 346 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.25 
 
 		 803 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.82 
 
 		 1070 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.41 
 
 		 826 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.18 
 
 		 827 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.71 
 
 		 562 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  33 
 
 		 507 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0892  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.51 
 
 		 693 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.914859  decreased coverage  0.000000172581 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.99 
 
 		 730 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 648 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28640  cyclic di-GMP signal transduction protein  39.16 
 
 		 834 aa  113  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 324 aa  113  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 540 aa  113  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 569 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 458 aa  113  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.07 
 
 		 990 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.98 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1578  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.18 
 
 		 631 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.89 
 
 		 739 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  33 
 
 		 507 aa  113  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 681 aa  112  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  37.42 
 
 		 418 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 354 aa  112  5e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 476 aa  112  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  36.94 
 
 		 368 aa  112  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  41.46 
 
 		 1093 aa  112  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1824  membrane associated receptor  35.5 
 
 		 482 aa  112  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0252626  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 459 aa  112  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 339 aa  112  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 471 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  39.02 
 
 		 604 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  37.97 
 
 		 585 aa  112  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>