More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1579 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
324 aa  667    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.02 
 
 
454 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.76 
 
 
424 aa  162  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.33 
 
 
791 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 
730 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  36.23 
 
 
659 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  44.16 
 
 
459 aa  145  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.91 
 
 
419 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  46.63 
 
 
378 aa  143  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 
564 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  39.29 
 
 
420 aa  142  6e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  33.21 
 
 
634 aa  142  9e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 
1078 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  34.88 
 
 
329 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.35 
 
 
654 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  40.69 
 
 
437 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.07 
 
 
418 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.84 
 
 
575 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  45.11 
 
 
350 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.45 
 
 
794 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.32 
 
 
505 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
307 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.44 
 
 
718 aa  137  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.15 
 
 
425 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.95 
 
 
636 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  44.63 
 
 
637 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.48 
 
 
594 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  41.33 
 
 
312 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  46.29 
 
 
345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.47 
 
 
796 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  34.14 
 
 
317 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
503 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.25 
 
 
572 aa  133  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  32.58 
 
 
559 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.67 
 
 
332 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
502 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.75 
 
 
332 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.11 
 
 
751 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  42.7 
 
 
494 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.98 
 
 
316 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  40.41 
 
 
1037 aa  132  7.999999999999999e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
463 aa  132  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  37.31 
 
 
430 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  37.31 
 
 
430 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  37.31 
 
 
431 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  37.31 
 
 
431 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 
416 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  37.31 
 
 
431 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  37.31 
 
 
430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  37.31 
 
 
430 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  37.31 
 
 
430 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.29 
 
 
492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.26 
 
 
312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  42.78 
 
 
516 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  37.31 
 
 
431 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.62 
 
 
366 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.33 
 
 
611 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  40.53 
 
 
632 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
471 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  32.7 
 
 
457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  41.53 
 
 
382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  35.47 
 
 
539 aa  130  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.58 
 
 
301 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.64 
 
 
476 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.02 
 
 
410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.83 
 
 
1294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.22 
 
 
878 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
487 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 
578 aa  129  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  43.5 
 
 
525 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.38 
 
 
512 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
502 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.68 
 
 
432 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 
416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.83 
 
 
625 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.27 
 
 
610 aa  128  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  41.38 
 
 
492 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.37 
 
 
415 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.95 
 
 
423 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.59 
 
 
343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  41.95 
 
 
347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
403 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.31 
 
 
407 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  40.48 
 
 
368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
569 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.16 
 
 
325 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  41.82 
 
 
370 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.72 
 
 
485 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
316 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.41 
 
 
1000 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.37 
 
 
332 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
492 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  34.1 
 
 
305 aa  127  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.04 
 
 
796 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
492 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
578 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  43.37 
 
 
414 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  41.72 
 
 
778 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>