More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1334 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1334  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 512 aa  1019    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.278248  normal  0.0416734 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  26.93 
 
 		 1694 aa  99  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0626  tetratricopeptide TPR_2  23.82 
 
 		 2059 aa  97.1  7e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00762464 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  31.56 
 
 		 935 aa  90.9  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0661  TPR repeat-containing methyltransferase  24.55 
 
 		 561 aa  90.1  8e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.25847  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4726  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.41 
 
 		 730 aa  90.1  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.54 
 
 		 810 aa  89.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0774  tetratricopeptide TPR_2  28.21 
 
 		 519 aa  89  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.169881  normal  0.452711 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1516  tetratricopeptide repeat family protein  24.55 
 
 		 561 aa  89.4  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2583  TPR repeat-containing protein  26.15 
 
 		 729 aa  88.2  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 		 927 aa  88.6  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  26.88 
 
 		 878 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.32 
 
 		 632 aa  86.7  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1620  TPR repeat-containing protein  27.94 
 
 		 900 aa  84.3  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  28.66 
 
 		 754 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1499  TPR repeat-containing protein  24.73 
 
 		 620 aa  81.6  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0511559 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  25.12 
 
 		 1979 aa  81.3  0.00000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1755  TPR repeat-containing protein  27.96 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000044478  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0153  TPR repeat-containing protein  28.35 
 
 		 754 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.372833  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 		 808 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 465 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2266  tetratricopeptide TPR_2  28.23 
 
 		 1213 aa  79  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2606  tetratricopeptide TPR_2  24.3 
 
 		 643 aa  77  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  25.93 
 
 		 4079 aa  77  0.0000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  21.18 
 
 		 3145 aa  76.6  0.0000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  25.77 
 
 		 1138 aa  76.6  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2393  TPR repeat-containing protein  26.57 
 
 		 944 aa  76.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 1094 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  22.92 
 
 		 3172 aa  75.5  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0436  tetratricopeptide TPR_2  21.08 
 
 		 1056 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1506  tetratricopeptide TPR_4  24.1 
 
 		 729 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7517  hypothetical protein  30.53 
 
 		 703 aa  75.1  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.03 
 
 		 639 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1483  TPR repeat-containing protein  28.77 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0196  TPR repeat-containing protein  27.14 
 
 		 927 aa  73.6  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.935444 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2953  TPR repeat-containing protein  21.76 
 
 		 711 aa  73.2  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0781794 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  23.14 
 
 		 543 aa  72  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13031  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 		 306 aa  72  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0823406 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0376  tetratricopeptide TPR_4  26.03 
 
 		 929 aa  72  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  24.8 
 
 		 1676 aa  72.4  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0564  TPR repeat-containing protein  35.26 
 
 		 202 aa  72  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.151741 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  23.73 
 
 		 1737 aa  72.4  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  23.33 
 
 		 448 aa  72.4  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  22.02 
 
 		 725 aa  72  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.92 
 
 		 2240 aa  71.6  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  28.49 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0495  TPR repeat-containing protein  26.82 
 
 		 592 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31548  hitchhiker  0.000811281 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  29.19 
 
 		 767 aa  71.2  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  29.38 
 
 		 642 aa  71.2  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0156  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 		 955 aa  71.2  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  24.45 
 
 		 1276 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  24.71 
 
 		 587 aa  70.5  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  23.56 
 
 		 486 aa  70.5  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2680  peptidase S41  21.67 
 
 		 745 aa  70.1  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.20871  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  25.33 
 
 		 366 aa  70.1  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  22.61 
 
 		 3301 aa  70.1  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  28.5 
 
 		 637 aa  68.9  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0114  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 602 aa  68.9  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.606428  normal  0.312557 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2807  tetratricopeptide TPR_2  24.35 
 
 		 576 aa  69.3  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  27.04 
 
 		 2262 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  26.35 
 
 		 909 aa  68.2  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0694  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.28 
 
 		 577 aa  67.4  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2859  sulfotransferase  22.91 
 
 		 832 aa  67.4  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.398491 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4770  sulfotransferase  22.37 
 
 		 887 aa  67.4  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2318  tetratricopeptide protein  26.24 
 
 		 573 aa  67.4  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  23.77 
 
 		 562 aa  67  0.0000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  28.99 
 
 		 864 aa  67  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2941  hypothetical protein  35.83 
 
 		 560 aa  67  0.0000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000171884  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.16 
 
 		 557 aa  66.6  0.0000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2893  O-linked N-acetylglucosamine transferase  27.27 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.272299 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1166  TPR domain-containing protein  27.75 
 
 		 266 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.194624  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  27.23 
 
 		 739 aa  66.6  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  26.18 
 
 		 620 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1699  TPR repeat-containing protein  30.5 
 
 		 409 aa  66.6  0.000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.52405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1449  tetratricopeptide TPR_2  26.59 
 
 		 1067 aa  66.2  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  27 
 
 		 762 aa  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1633  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000383939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0996  TPR repeat-containing protein  24.6 
 
 		 634 aa  65.5  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.325764  normal  0.0470836 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  26.55 
 
 		 816 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  25.77 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 		 612 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0487  TPR repeat-containing protein  27.94 
 
 		 566 aa  64.7  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  23.8 
 
 		 828 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1657  TPR repeat-containing protein  21.96 
 
 		 594 aa  65.1  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 		 639 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2231  TPR repeat-containing protein  28.34 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000000660918  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0516  TPR repeat-containing protein  22.27 
 
 		 673 aa  64.7  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000776603  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.38 
 
 		 689 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1947  tetratricopeptide TPR_2  25.7 
 
 		 564 aa  64.7  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0106408 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4768  sulfotransferase  20.47 
 
 		 676 aa  64.3  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.260339  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  24.05 
 
 		 828 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1530  TPR repeat-containing protein  25.17 
 
 		 873 aa  64.3  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0304158  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0755  TPR repeat-containing protein  26.21 
 
 		 662 aa  64.3  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.466717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0911  TPR repeat-containing protein  25.11 
 
 		 515 aa  64.3  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.19098  hitchhiker  0.00518464 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  25.96 
 
 		 545 aa  64.3  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  27.09 
 
 		 3560 aa  63.9  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 		 636 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  25 
 
 		 795 aa  63.9  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  28.83 
 
 		 789 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3605  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.02 
 
 		 248 aa  63.9  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>