More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3508 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 712 aa  1478    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  22.51 
 
 		 717 aa  149  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  21.98 
 
 		 729 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  23.04 
 
 		 678 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  22.52 
 
 		 725 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  21.4 
 
 		 693 aa  90.5  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  39 
 
 		 522 aa  87.8  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  22.86 
 
 		 774 aa  87.4  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 1020 aa  83.2  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  24.35 
 
 		 425 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  21.69 
 
 		 713 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  21.31 
 
 		 772 aa  79  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  25.7 
 
 		 711 aa  79  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  38.27 
 
 		 518 aa  78.2  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  37.04 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.04 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.04 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  37.04 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.04 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  37.04 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.04 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.04 
 
 		 512 aa  77.4  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  33.66 
 
 		 382 aa  77  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  24.54 
 
 		 762 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  32.08 
 
 		 531 aa  76.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  19.8 
 
 		 714 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  21.26 
 
 		 716 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  37.11 
 
 		 409 aa  75.5  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  38.95 
 
 		 1014 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  35.48 
 
 		 525 aa  74.7  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 518 aa  74.3  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  20.59 
 
 		 716 aa  73.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  24.14 
 
 		 541 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  38.95 
 
 		 618 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  34.41 
 
 		 711 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.44 
 
 		 514 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  35.44 
 
 		 395 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.44 
 
 		 514 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  31.25 
 
 		 977 aa  72.4  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.44 
 
 		 514 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.44 
 
 		 514 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  28.89 
 
 		 522 aa  71.6  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  37 
 
 		 521 aa  71.6  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  23.28 
 
 		 715 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  33.67 
 
 		 230 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0552  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.97 
 
 		 226 aa  70.5  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24530  Response regulator KdpE  36.67 
 
 		 232 aa  70.5  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0689152  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  20.31 
 
 		 716 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.5 
 
 		 412 aa  70.1  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  31.91 
 
 		 1074 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  30.85 
 
 		 956 aa  68.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  35.05 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 231 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  38.39 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  37.36 
 
 		 493 aa  67.8  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  37.36 
 
 		 493 aa  67.4  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  37.36 
 
 		 493 aa  67.4  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 231 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  36.59 
 
 		 330 aa  67  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 1075 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  33.33 
 
 		 508 aa  67  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 1075 aa  66.6  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 1080 aa  67  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  36.59 
 
 		 330 aa  67  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 1075 aa  66.6  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 230 aa  66.2  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  37.76 
 
 		 468 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 1089 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 1089 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 1063 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 330 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  33 
 
 		 521 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  29.27 
 
 		 1092 aa  65.5  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  29.27 
 
 		 1102 aa  65.1  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26.5 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  22.44 
 
 		 469 aa  64.7  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1539  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.85 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000287281  normal  0.103291 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1173  DNA-binding response regulator  30.3 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.423617  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.32 
 
 		 523 aa  64.3  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4168  DNA-binding response regulator  30.3 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  32.65 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1023  two component transcriptional regulator  30.93 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  26.32 
 
 		 522 aa  63.5  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0130  two component transcriptional regulator  40.28 
 
 		 229 aa  63.5  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.848842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  25.35 
 
 		 756 aa  63.9  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2076  two component transcriptional regulator  30.21 
 
 		 223 aa  63.5  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0826632  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  35.06 
 
 		 479 aa  63.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.53 
 
 		 542 aa  63.2  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3557  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  31.91 
 
 		 230 aa  62.8  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4523  two component transcriptional regulator  34.74 
 
 		 251 aa  62.8  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  32.29 
 
 		 241 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  31.08 
 
 		 1067 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2502  two-component response regulator of kdp operon  30.39 
 
 		 234 aa  62.4  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  27.45 
 
 		 510 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 230 aa  62.4  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>