More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A4234 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  94.89 
 
 
411 aa  792    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
410 aa  833    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  81.82 
 
 
397 aa  666    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  65.07 
 
 
379 aa  506  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  64.27 
 
 
388 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  63.16 
 
 
382 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.23 
 
 
388 aa  485  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  63.79 
 
 
382 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  60.21 
 
 
386 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  61.11 
 
 
382 aa  481  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  62.88 
 
 
382 aa  480  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  61.68 
 
 
385 aa  479  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  62.22 
 
 
382 aa  478  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  60.16 
 
 
386 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  60.78 
 
 
383 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  59.15 
 
 
383 aa  470  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  59.03 
 
 
379 aa  467  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  64.66 
 
 
385 aa  465  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.26 
 
 
385 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.32 
 
 
386 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  59.42 
 
 
385 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  59.42 
 
 
385 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  59.69 
 
 
385 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  59.42 
 
 
385 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  61 
 
 
385 aa  464  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  59.89 
 
 
385 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.47 
 
 
385 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.47 
 
 
385 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.82 
 
 
385 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  59.27 
 
 
382 aa  456  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  62.82 
 
 
387 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  62.54 
 
 
387 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  60.11 
 
 
382 aa  441  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  59.27 
 
 
381 aa  441  9.999999999999999e-123  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.35 
 
 
389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  53.12 
 
 
389 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  51.96 
 
 
390 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  56.9 
 
 
385 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.51 
 
 
389 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.23 
 
 
389 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  52.53 
 
 
382 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.82 
 
 
389 aa  375  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  51.54 
 
 
389 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.42 
 
 
395 aa  368  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.28 
 
 
382 aa  358  7e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  51.46 
 
 
397 aa  357  2.9999999999999997e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  53.63 
 
 
397 aa  354  2e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  47.23 
 
 
379 aa  348  1e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 
383 aa  345  7e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  43.97 
 
 
383 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  48.53 
 
 
381 aa  333  5e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  49.03 
 
 
385 aa  332  8e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.03 
 
 
385 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  49.02 
 
 
385 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.75 
 
 
385 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.46 
 
 
391 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  43.62 
 
 
381 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.46 
 
 
394 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.46 
 
 
394 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  44.6 
 
 
381 aa  322  5e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  45.96 
 
 
377 aa  320  3.9999999999999996e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  44.71 
 
 
379 aa  319  5e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  44.66 
 
 
377 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  44.23 
 
 
377 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.38 
 
 
381 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  41.51 
 
 
377 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  41.94 
 
 
380 aa  301  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  42.98 
 
 
388 aa  292  7e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  42.6 
 
 
387 aa  290  4e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 
388 aa  287  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  44.08 
 
 
381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  39.84 
 
 
377 aa  282  9e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  38.86 
 
 
385 aa  282  9e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  40.91 
 
 
379 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  40.47 
 
 
385 aa  279  6e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  43.68 
 
 
384 aa  278  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  40.05 
 
 
384 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  39.31 
 
 
385 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  39.88 
 
 
381 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  37.8 
 
 
378 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  39.72 
 
 
392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  37.12 
 
 
394 aa  232  8.000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 
389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 
394 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  33.68 
 
 
379 aa  206  6e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  34.22 
 
 
379 aa  206  7e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  33.92 
 
 
399 aa  206  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  35.03 
 
 
393 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.51 
 
 
378 aa  199  6e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 
393 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 
381 aa  197  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 
379 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  34.53 
 
 
396 aa  192  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
379 aa  192  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
382 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>