More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5670 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  100 
 
 		 393 aa  788    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  67.84 
 
 		 370 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  59.9 
 
 		 419 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  62.4 
 
 		 399 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 390 aa  313  4.999999999999999e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 384 aa  143  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 384 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 409 aa  127  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 384 aa  126  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  38.76 
 
 		 411 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 383 aa  126  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 387 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 432 aa  124  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 411 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 436 aa  122  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 410 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 531 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  32.24 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 464 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.05 
 
 		 420 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  48.45 
 
 		 532 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 540 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  42.94 
 
 		 296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 469 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 562 aa  117  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 486 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  40 
 
 		 460 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 385 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 384 aa  115  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  39.43 
 
 		 402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  29.11 
 
 		 405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  36.32 
 
 		 625 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 387 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 443 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 469 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 438 aa  114  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  38.95 
 
 		 415 aa  113  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 486 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 486 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 486 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 202 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 501 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 467 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 485 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 506 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 497 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 184 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 252 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 585 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  40.49 
 
 		 631 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 474 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 753 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 646 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 231 aa  111  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 401 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 571 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 519 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 400 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 506 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 552 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 371 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 432 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 440 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  27.07 
 
 		 388 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 527 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 363 aa  110  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 		 334 aa  109  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  39.18 
 
 		 273 aa  109  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  35.36 
 
 		 604 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 542 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.21 
 
 		 415 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 646 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 385 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.44 
 
 		 1000 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 370 aa  109  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  28.61 
 
 		 433 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 585 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 469 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 385 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 769 aa  109  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 385 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0525  GGDEF family protein  41.9 
 
 		 391 aa  109  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 409 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>