More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_2030 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 		 333 aa  663    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  73.77 
 
 		 356 aa  484  1e-135  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  76.32 
 
 		 336 aa  481  1e-135  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  60.12 
 
 		 330 aa  419  1e-116  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  59.82 
 
 		 330 aa  418  1e-116  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  54.8 
 
 		 335 aa  390  1e-107  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  55.11 
 
 		 335 aa  390  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.25 
 
 		 335 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  53.23 
 
 		 335 aa  386  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.87 
 
 		 357 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  49.84 
 
 		 334 aa  313  2.9999999999999996e-84  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.73 
 
 		 337 aa  311  7.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.66 
 
 		 350 aa  311  1e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  49.52 
 
 		 351 aa  299  5e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.35 
 
 		 336 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.35 
 
 		 336 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.02 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.71 
 
 		 322 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.62 
 
 		 332 aa  224  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 		 351 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.84 
 
 		 353 aa  222  7e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  40.69 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  35.62 
 
 		 347 aa  219  7e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 		 321 aa  218  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.39 
 
 		 326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.71 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.98 
 
 		 352 aa  211  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.72 
 
 		 328 aa  209  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.52 
 
 		 328 aa  209  7e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.6 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.82 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  39.7 
 
 		 354 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.28 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.22 
 
 		 327 aa  207  3e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.4 
 
 		 336 aa  206  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.09 
 
 		 333 aa  206  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  41.89 
 
 		 353 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.46 
 
 		 317 aa  205  1e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.56 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  37.06 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.01 
 
 		 330 aa  202  7e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.76 
 
 		 317 aa  202  7e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.59 
 
 		 354 aa  202  8e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  32.92 
 
 		 326 aa  202  9e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  32.92 
 
 		 326 aa  202  9e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  34.5 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  39.54 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.44 
 
 		 327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.57 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.07 
 
 		 333 aa  200  3e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 		 327 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 		 342 aa  199  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  39.56 
 
 		 356 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.38 
 
 		 334 aa  199  7e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.68 
 
 		 342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 		 321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 		 332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.54 
 
 		 333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.63 
 
 		 333 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.56 
 
 		 342 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.88 
 
 		 332 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.88 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  35.95 
 
 		 356 aa  196  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 		 347 aa  196  6e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.31 
 
 		 357 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  38.69 
 
 		 322 aa  196  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.18 
 
 		 349 aa  196  7e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.81 
 
 		 332 aa  195  8.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.33 
 
 		 347 aa  195  9e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  44.29 
 
 		 327 aa  195  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  41.18 
 
 		 358 aa  195  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.84 
 
 		 343 aa  195  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  41.33 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.8 
 
 		 352 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.38 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.88 
 
 		 358 aa  194  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.39 
 
 		 321 aa  194  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.05 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.74 
 
 		 355 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.23 
 
 		 342 aa  193  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.18 
 
 		 325 aa  193  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  41.22 
 
 		 332 aa  192  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.53 
 
 		 356 aa  192  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.78 
 
 		 325 aa  192  7e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.37 
 
 		 343 aa  192  8e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.16 
 
 		 350 aa  192  9e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1443  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.25 
 
 		 349 aa  191  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.915684 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.62 
 
 		 331 aa  191  1e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  41.27 
 
 		 353 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.33 
 
 		 328 aa  191  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  35.37 
 
 		 343 aa  191  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 		 338 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.51 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.9 
 
 		 362 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.8 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 		 357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  34.28 
 
 		 333 aa  189  4e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  36.81 
 
 		 338 aa  190  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>