More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2917 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  448  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 217 aa  300  7.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  60.28 
 
 		 235 aa  279  2e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1758  transcriptional regulator of TetR family protein  44.6 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.77056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 211 aa  157  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  36.7 
 
 		 218 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 233 aa  134  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 233 aa  134  8e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3590  TetR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 213 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  38.59 
 
 		 233 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 226 aa  124  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 232 aa  123  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 106 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3630  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2249  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.111246  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  38.81 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  41.43 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  28.68 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 198 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  23.84 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 231 aa  58.5  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  26.19 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  26.57 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  36.23 
 
 		 191 aa  57.8  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  32.18 
 
 		 246 aa  57  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  26.49 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1683  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2195  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  24.26 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1743  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.065917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4783  transcriptional regulator, TetR family  56.25 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.697373  normal  0.690259 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  37.1 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1862  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 244 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 245 aa  54.3  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1270  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0484434 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 226 aa  54.7  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3882  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1639  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  41.94 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1904  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.550528  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 180 aa  53.9  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4918  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141388  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5007  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.324898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 224 aa  53.9  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1678  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2766  regulatory protein, TetR  45.28 
 
 		 198 aa  53.5  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.597397  hitchhiker  0.0084658 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 224 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 213 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 240 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 244 aa  52.8  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 224 aa  52.8  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 203 aa  52.8  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 224 aa  52.8  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 190 aa  52.8  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5635  transcriptional regulator, TetR family  24.04 
 
 		 203 aa  52.8  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0445849  normal  0.712508 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5621  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 195 aa  52.4  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00254336 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3404  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 198 aa  52.4  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.64747  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 190 aa  52.4  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>