More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1305 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  100 
 
 		 343 aa  689    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4835  ATP dependent DNA ligase  88.35 
 
 		 275 aa  422  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0490207 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  60.06 
 
 		 349 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  59.15 
 
 		 350 aa  362  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  57.49 
 
 		 354 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  53.05 
 
 		 350 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  53.85 
 
 		 346 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  48.67 
 
 		 336 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  47.06 
 
 		 834 aa  251  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  44.12 
 
 		 644 aa  236  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40 
 
 		 845 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  45.37 
 
 		 856 aa  226  4e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  45.07 
 
 		 845 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  37.22 
 
 		 864 aa  212  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.92 
 
 		 658 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  37.65 
 
 		 865 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  37.54 
 
 		 658 aa  205  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  40.26 
 
 		 684 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  40.85 
 
 		 817 aa  205  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  40.52 
 
 		 833 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 1001 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  43.81 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  43.81 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  40 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  40.36 
 
 		 901 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  40.92 
 
 		 343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  39.61 
 
 		 940 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  40.6 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  41.54 
 
 		 936 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  41.54 
 
 		 936 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.8 
 
 		 656 aa  199  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  40.26 
 
 		 822 aa  198  1.0000000000000001e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  38.69 
 
 		 930 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  42.58 
 
 		 840 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  38.64 
 
 		 837 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  40.73 
 
 		 918 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  38.99 
 
 		 871 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  37.74 
 
 		 882 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  37.66 
 
 		 883 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  40.88 
 
 		 927 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  39.02 
 
 		 848 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  40.64 
 
 		 927 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  37.38 
 
 		 833 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  39.26 
 
 		 825 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  36.97 
 
 		 843 aa  194  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  39.55 
 
 		 651 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.59 
 
 		 683 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  35.58 
 
 		 815 aa  194  2e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  36.39 
 
 		 914 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  40.2 
 
 		 954 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  38.01 
 
 		 837 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  36.28 
 
 		 895 aa  192  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  35.95 
 
 		 911 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  39.08 
 
 		 851 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  39.4 
 
 		 853 aa  192  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  39.29 
 
 		 847 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  37.62 
 
 		 881 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  37.07 
 
 		 833 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  38.46 
 
 		 832 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  41.19 
 
 		 932 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  37.66 
 
 		 863 aa  189  8e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  40.88 
 
 		 949 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  40.84 
 
 		 846 aa  188  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  40.39 
 
 		 847 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  40.85 
 
 		 939 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  39.67 
 
 		 866 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  37.54 
 
 		 867 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  39.67 
 
 		 914 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  39.05 
 
 		 886 aa  186  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  38.21 
 
 		 882 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  38.49 
 
 		 871 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.99 
 
 		 900 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  36.81 
 
 		 893 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  37.42 
 
 		 825 aa  183  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  37.22 
 
 		 877 aa  181  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  37.95 
 
 		 813 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  36.22 
 
 		 902 aa  179  4.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  36.98 
 
 		 534 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  39.32 
 
 		 818 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  41.5 
 
 		 847 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 896 aa  176  4e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  37.94 
 
 		 872 aa  176  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  37.42 
 
 		 603 aa  175  8e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  35.53 
 
 		 651 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  35.48 
 
 		 888 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  40 
 
 		 896 aa  172  9e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  37.07 
 
 		 837 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  37.05 
 
 		 913 aa  170  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  34.41 
 
 		 608 aa  169  5e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  36.45 
 
 		 657 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.39 
 
 		 866 aa  168  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  39.67 
 
 		 846 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  38.12 
 
 		 868 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  33.13 
 
 		 351 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  37.46 
 
 		 1163 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  37.38 
 
 		 868 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.32 
 
 		 855 aa  157  3e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  33.11 
 
 		 316 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  36.57 
 
 		 1157 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.07 
 
 		 495 aa  156  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>