More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3543 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  100 
 
 		 224 aa  429  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  37.98 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.73 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 234 aa  89.7  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 235 aa  90.1  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.51 
 
 		 223 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.89 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  32.98 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  88.6  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.81 
 
 		 225 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  30.85 
 
 		 253 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2883  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.683731  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 239 aa  81.6  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 249 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 263 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 275 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5058  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 244 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  32.68 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 233 aa  57  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  34.51 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 239 aa  55.1  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  26.02 
 
 		 224 aa  53.9  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22730  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 199 aa  52.8  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  41.89 
 
 		 218 aa  53.1  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 213 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  26.88 
 
 		 227 aa  52.8  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  33.55 
 
 		 213 aa  52  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  26.92 
 
 		 219 aa  52  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2276  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 403 aa  51.6  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.276985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 199 aa  51.6  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 200 aa  51.6  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  45.95 
 
 		 209 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 198 aa  51.2  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 222 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 220 aa  50.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 237 aa  50.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4033  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 219 aa  50.1  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000937448 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  34.74 
 
 		 192 aa  49.7  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  31.94 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 212 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 235 aa  49.3  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 228 aa  48.9  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 212 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  34.85 
 
 		 224 aa  48.9  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 233 aa  48.5  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 223 aa  48.5  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>