More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4033 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4033  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  440  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000937448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0420  TetR family regulatory protein  75.36 
 
 		 226 aa  315  4e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1225  TetR family transcriptional regulator  71.29 
 
 		 269 aa  301  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3478  TetR family transcriptional regulator  65.18 
 
 		 247 aa  298  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.346656  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3958  TetR family transcriptional regulator  69.08 
 
 		 260 aa  295  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4090  TetR family transcriptional regulator  66.51 
 
 		 342 aa  295  4e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729082 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0591  TetR family transcriptional regulator  66.02 
 
 		 221 aa  290  9e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.581087 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0570  transcriptional regulator, TetR family  65.53 
 
 		 221 aa  288  5.0000000000000004e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1336  TetR family transcriptional regulator  68.02 
 
 		 235 aa  285  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0809  transcriptional regulator, TetR family  69.59 
 
 		 233 aa  282  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3520  TetR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 236 aa  267  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0472  putative transcription regulator protein  58.71 
 
 		 213 aa  232  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.19326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0384  TetR family transcriptional regulator  57.92 
 
 		 212 aa  231  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.422043  normal  0.0982604 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0679  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2749  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2329  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0196  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.784528  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0694  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357828  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0855  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0563  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2409  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4039  TetR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 199 aa  229  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.105463  normal  0.161647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0660  transcriptional regulator, TetR family  59.07 
 
 		 199 aa  228  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6049  TetR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 199 aa  226  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2640  TetR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 199 aa  226  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308303  normal  0.133482 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2773  TetR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 199 aa  226  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0577  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  227  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0384  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 201 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.384249  normal  0.354383 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2749  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2110  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2722  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 199 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40024  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0445  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 213 aa  224  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0362  transcriptional regulator, TetR family  57.71 
 
 		 213 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0347  transcriptional regulator, TetR family  57.71 
 
 		 213 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0062  transcriptional regulator, TetR family  47.15 
 
 		 200 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0119  TetR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1020  TetR family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 198 aa  164  9e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.13954 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3199  transcriptional regulator, TetR family  45.26 
 
 		 198 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0468642  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3294  transcriptional regulator, TetR family  45.93 
 
 		 198 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.164572  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3099  TetR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 221 aa  154  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00451486  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1231  TetR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 196 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.811741  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4372  TetR/AcrR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0837582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0070  transcriptional regulator, TetR family  37.77 
 
 		 202 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2565  transcriptional regulator, TetR family  40.31 
 
 		 195 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.908518  normal  0.0361185 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 193 aa  132  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0154  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 201 aa  131  7.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.01505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0058  transcriptional regulator, TetR family  42.33 
 
 		 216 aa  128  5.0000000000000004e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0088  transcriptional regulator, TetR family  37.69 
 
 		 207 aa  124  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.783228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6800  putative transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 207 aa  118  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5178  putative transcriptional regulator, TetR family  39.55 
 
 		 197 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.519918  hitchhiker  0.00157317 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2858  transcriptional regulator, TetR family  39.88 
 
 		 218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000947  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 196 aa  99.4  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1907  putative transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 218 aa  94  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4669  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 197 aa  92.8  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06958  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 198 aa  93.2  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3420  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 202 aa  92  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12190  hypothetical protein  48.91 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.52928e-50  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2281  hypothetical protein  31.18 
 
 		 194 aa  88.2  9e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120566  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3074  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 202 aa  86.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 199 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2862  TetR family transcriptional regulator  20.96 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00162474  hitchhiker  0.00695972 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4537  transcriptional regulator, TetR family  22.36 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340013  normal  0.0119033 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2940  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  29.31 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  26.59 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  26.72 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  23.24 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4533  transcriptional regulator, TetR family  23.95 
 
 		 198 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0169871 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0891  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 190 aa  54.7  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>