282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3520 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3520  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  484  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3478  TetR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 247 aa  330  1e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.346656  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3958  TetR family transcriptional regulator  76.14 
 
 		 260 aa  319  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0570  transcriptional regulator, TetR family  70.7 
 
 		 221 aa  308  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0591  TetR family transcriptional regulator  70.7 
 
 		 221 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.581087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4090  TetR family transcriptional regulator  69.27 
 
 		 342 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729082 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0809  transcriptional regulator, TetR family  74.61 
 
 		 233 aa  302  4.0000000000000003e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1225  TetR family transcriptional regulator  68.35 
 
 		 269 aa  288  7e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1336  TetR family transcriptional regulator  69.54 
 
 		 235 aa  286  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0420  TetR family regulatory protein  67.72 
 
 		 226 aa  275  6e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4033  TetR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 219 aa  267  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000937448 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6049  TetR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 199 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2773  TetR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 199 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2640  TetR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 199 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308303  normal  0.133482 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0472  putative transcription regulator protein  52.68 
 
 		 213 aa  214  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.19326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2749  TetR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 199 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2110  TetR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 199 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2722  TetR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 199 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40024  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0577  TetR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 199 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4039  TetR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 199 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.105463  normal  0.161647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0660  transcriptional regulator, TetR family  52.06 
 
 		 199 aa  211  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2409  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0196  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.784528  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0855  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0563  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0679  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0694  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357828  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2749  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2329  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0384  TetR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 201 aa  208  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.384249  normal  0.354383 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0384  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 212 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.422043  normal  0.0982604 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0445  TetR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 213 aa  201  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0362  transcriptional regulator, TetR family  51.76 
 
 		 213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0347  transcriptional regulator, TetR family  51.76 
 
 		 213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1020  TetR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 198 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.13954 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0062  transcriptional regulator, TetR family  43.01 
 
 		 200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3099  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00451486  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0119  TetR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 200 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3294  transcriptional regulator, TetR family  45.4 
 
 		 198 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.164572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3199  transcriptional regulator, TetR family  45.4 
 
 		 198 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0468642  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1231  TetR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 196 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.811741  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 		 193 aa  134  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0070  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 202 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 201 aa  131  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2565  transcriptional regulator, TetR family  38.74 
 
 		 195 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.908518  normal  0.0361185 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0058  transcriptional regulator, TetR family  37.69 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0088  transcriptional regulator, TetR family  39.9 
 
 		 207 aa  126  3e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.783228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4372  TetR/AcrR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 224 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0837582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5178  putative transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 		 197 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.519918  hitchhiker  0.00157317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6800  putative transcriptional regulator, TetR family  40.56 
 
 		 207 aa  115  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813677  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2858  transcriptional regulator, TetR family  39.52 
 
 		 218 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0154  transcriptional regulator, TetR family  35.5 
 
 		 201 aa  109  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.01505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000947  transcriptional regulator  31.28 
 
 		 196 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06958  transcriptional regulator  31.47 
 
 		 198 aa  97.8  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1907  putative transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 218 aa  94  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2281  hypothetical protein  29.12 
 
 		 194 aa  86.3  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120566  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4669  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 197 aa  85.9  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12190  hypothetical protein  47.73 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.52928e-50  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3420  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3074  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  27.27 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  23.81 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4537  transcriptional regulator, TetR family  23.93 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340013  normal  0.0119033 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1679  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  23.3 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 194 aa  54.7  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  26.14 
 
 		 220 aa  53.1  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 196 aa  52.8  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 193 aa  52.4  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1649  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 192 aa  51.6  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  22.7 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  23.03 
 
 		 190 aa  50.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2241  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.7288  hitchhiker  0.000000000000408452 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1745  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 216 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 216 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 216 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 210 aa  49.7  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  20.74 
 
 		 193 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 196 aa  49.3  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 220 aa  49.3  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0985  transcriptional regulator, TetR family  35.53 
 
 		 222 aa  49.3  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  22.92 
 
 		 217 aa  49.3  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4533  transcriptional regulator, TetR family  24.44 
 
 		 198 aa  49.3  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0169871 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 200 aa  48.9  0.00007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  22.16 
 
 		 195 aa  48.9  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 200 aa  48.9  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2862  TetR family transcriptional regulator  20.21 
 
 		 202 aa  48.5  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00162474  hitchhiker  0.00695972 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3169  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2807  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 207 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 195 aa  48.5  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3088  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 235 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215093  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 206 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2479  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 230 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0031  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>