228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0809 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0809  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
233 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3958  TetR family transcriptional regulator  67.62 
 
 
260 aa  325  4.0000000000000003e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3478  TetR family transcriptional regulator  69.46 
 
 
247 aa  324  6e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.346656  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0570  transcriptional regulator, TetR family  73.27 
 
 
221 aa  321  6e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0591  TetR family transcriptional regulator  73.27 
 
 
221 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.581087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4090  TetR family transcriptional regulator  76.5 
 
 
342 aa  312  2.9999999999999996e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.729082 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3520  TetR family transcriptional regulator  69.72 
 
 
236 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1336  TetR family transcriptional regulator  76.41 
 
 
235 aa  306  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.745896  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1225  TetR family transcriptional regulator  75.77 
 
 
269 aa  301  8.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0420  TetR family regulatory protein  65.73 
 
 
226 aa  288  7e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418633  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4033  TetR family transcriptional regulator  69.04 
 
 
219 aa  284  7e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000937448 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0384  TetR family transcriptional regulator  59 
 
 
212 aa  241  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.422043  normal  0.0982604 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0472  putative transcription regulator protein  59.9 
 
 
213 aa  241  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.19326  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0577  TetR family transcriptional regulator  62.01 
 
 
199 aa  239  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0445  TetR family transcriptional regulator  58.13 
 
 
213 aa  237  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6049  TetR family transcriptional regulator  62.01 
 
 
199 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2640  TetR family transcriptional regulator  62.01 
 
 
199 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308303  normal  0.133482 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2773  TetR family transcriptional regulator  62.01 
 
 
199 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4039  TetR family transcriptional regulator  61.45 
 
 
199 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.105463  normal  0.161647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0660  transcriptional regulator, TetR family  60.34 
 
 
199 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2749  TetR family transcriptional regulator  60.89 
 
 
199 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407163  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2110  TetR family transcriptional regulator  60.89 
 
 
199 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2722  TetR family transcriptional regulator  60.89 
 
 
199 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40024  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0384  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
201 aa  231  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.384249  normal  0.354383 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0196  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
199 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.784528  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0855  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
199 aa  230  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0563  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
199 aa  230  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2409  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
199 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0694  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
199 aa  230  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357828  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0679  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
199 aa  230  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2749  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
199 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2329  TetR family transcriptional regulator  60.34 
 
 
199 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0362  transcriptional regulator, TetR family  59.2 
 
 
213 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0347  transcriptional regulator, TetR family  59.2 
 
 
213 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421077  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1020  TetR family transcriptional regulator  45.03 
 
 
198 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.13954 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0062  transcriptional regulator, TetR family  45.55 
 
 
200 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0119  TetR family transcriptional regulator  41.88 
 
 
200 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1231  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
196 aa  156  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.811741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3099  TetR family transcriptional regulator  43.02 
 
 
221 aa  149  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00451486  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3199  transcriptional regulator, TetR family  41.28 
 
 
198 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0468642  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3294  transcriptional regulator, TetR family  41.28 
 
 
198 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.164572  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  37.57 
 
 
193 aa  133  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4372  TetR/AcrR family transcriptional regulator  38.15 
 
 
224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0837582  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0070  transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 
202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128358  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
201 aa  128  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0088  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 
207 aa  122  5e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.783228  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2565  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 
195 aa  121  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.908518  normal  0.0361185 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5178  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
197 aa  118  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.519918  hitchhiker  0.00157317 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2858  transcriptional regulator, TetR family  39.26 
 
 
218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0058  transcriptional regulator, TetR family  34.36 
 
 
216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000947  transcriptional regulator  32.65 
 
 
196 aa  105  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6800  putative transcriptional regulator, TetR family  37.89 
 
 
207 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813677  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0154  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 
201 aa  102  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.01505  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06958  transcriptional regulator  30.61 
 
 
198 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1907  putative transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 
218 aa  85.1  7e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3420  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 
202 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12190  hypothetical protein  46.74 
 
 
211 aa  83.2  0.000000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.52928e-50  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3074  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 
202 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4669  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
197 aa  78.2  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2281  hypothetical protein  32.35 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120566  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 
199 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 
196 aa  58.9  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
190 aa  57.4  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
206 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  28.57 
 
 
220 aa  55.5  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
196 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 
207 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 
207 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  27.39 
 
 
206 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 
207 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 
210 aa  54.3  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 
214 aa  53.1  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 
193 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 
206 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  22.62 
 
 
196 aa  52.8  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  26.81 
 
 
199 aa  52.8  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  22.01 
 
 
196 aa  52.8  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 
201 aa  52  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 
204 aa  51.6  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
225 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 
204 aa  51.2  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0875  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
197 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0892  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
197 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397174  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0881  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
197 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.929355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 
206 aa  50.4  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0219  regulatory protein, TetR  33.68 
 
 
211 aa  50.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5881  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
197 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.752924 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4537  transcriptional regulator, TetR family  20.5 
 
 
197 aa  50.1  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.340013  normal  0.0119033 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
223 aa  49.3  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 
190 aa  49.3  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
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NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 
194 aa  48.5  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.707616 
 
 
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NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
207 aa  48.5  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
214 aa  47.8  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  24.03 
 
 
215 aa  48.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
200 aa  47.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
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NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  24.56 
 
 
200 aa  47  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
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NC_008554  Sfum_3689  TetR family transcriptional regulator  21.77 
 
 
213 aa  47.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  21.85 
 
 
181 aa  47  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_8687  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 
176 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
198 aa  47  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal 
 
 
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