139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0062 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0062  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 200 aa  397  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0119  TetR family transcriptional regulator  74.87 
 
 		 200 aa  314  5e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0420  TetR family regulatory protein  46.63 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0472  putative transcription regulator protein  51.28 
 
 		 213 aa  187  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.19326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0384  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 212 aa  187  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.422043  normal  0.0982604 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0445  TetR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 213 aa  185  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0384  TetR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 201 aa  185  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.384249  normal  0.354383 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4039  TetR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 199 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.105463  normal  0.161647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1336  TetR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 235 aa  183  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0660  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 199 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4033  TetR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 219 aa  182  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000937448 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0591  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 221 aa  178  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.581087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3478  TetR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 247 aa  178  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.346656  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0570  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 221 aa  177  5.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2110  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2722  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40024  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2749  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6049  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2773  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0577  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2640  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 199 aa  176  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308303  normal  0.133482 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0362  transcriptional regulator, TetR family  50.77 
 
 		 213 aa  175  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0347  transcriptional regulator, TetR family  50.77 
 
 		 213 aa  175  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3958  TetR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 260 aa  175  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1225  TetR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 269 aa  175  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4090  TetR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 342 aa  174  8e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729082 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0196  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.784528  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0855  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0563  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2749  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2329  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0679  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0694  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357828  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2409  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 199 aa  174  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0809  transcriptional regulator, TetR family  45.55 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3520  TetR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 236 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1020  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 198 aa  131  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.13954 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3294  transcriptional regulator, TetR family  38.34 
 
 		 198 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.164572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3199  transcriptional regulator, TetR family  38.34 
 
 		 198 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0468642  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0070  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 202 aa  117  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 193 aa  111  9e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0088  transcriptional regulator, TetR family  34.87 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.783228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3099  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00451486  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 201 aa  105  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0154  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 201 aa  105  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.01505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4372  TetR/AcrR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0837582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2565  transcriptional regulator, TetR family  34.87 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.908518  normal  0.0361185 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1231  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.811741  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5178  putative transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 197 aa  102  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.519918  hitchhiker  0.00157317 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2858  transcriptional regulator, TetR family  35.33 
 
 		 218 aa  93.2  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0058  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 216 aa  91.3  8e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6800  putative transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 207 aa  85.9  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1907  putative transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3074  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3420  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4669  TetR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12190  hypothetical protein  40.43 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.52928e-50  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2281  hypothetical protein  30.65 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120566  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000947  transcriptional regulator  25.9 
 
 		 196 aa  64.7  0.0000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  26.16 
 
 		 213 aa  53.9  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  25.53 
 
 		 200 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06958  transcriptional regulator  25.44 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  26.19 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 257 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  22.06 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 190 aa  47.8  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  23.53 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 198 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 188 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 206 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 226 aa  46.2  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  21.13 
 
 		 190 aa  45.8  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 186 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0103  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 187 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.245867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 203 aa  46.2  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0744  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 217 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  28.57 
 
 		 220 aa  45.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 214 aa  45.4  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 194 aa  45.8  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 211 aa  45.1  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 196 aa  45.4  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 215 aa  45.4  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 196 aa  45.1  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 225 aa  45.1  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 192 aa  45.1  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>