293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0362 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0362  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 213 aa  434  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0347  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 213 aa  434  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421077  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0472  putative transcription regulator protein  94.84 
 
 		 213 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.19326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0445  TetR family transcriptional regulator  90.14 
 
 		 213 aa  394  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0384  TetR family transcriptional regulator  90.14 
 
 		 212 aa  391  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.422043  normal  0.0982604 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4039  TetR family transcriptional regulator  80.61 
 
 		 199 aa  329  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.105463  normal  0.161647 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0384  TetR family transcriptional regulator  80.61 
 
 		 201 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.384249  normal  0.354383 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0660  transcriptional regulator, TetR family  79.59 
 
 		 199 aa  327  8e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0577  TetR family transcriptional regulator  78.57 
 
 		 199 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6049  TetR family transcriptional regulator  77.55 
 
 		 199 aa  315  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2640  TetR family transcriptional regulator  77.55 
 
 		 199 aa  315  3e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308303  normal  0.133482 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2773  TetR family transcriptional regulator  77.55 
 
 		 199 aa  315  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2110  TetR family transcriptional regulator  77.04 
 
 		 199 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2722  TetR family transcriptional regulator  77.04 
 
 		 199 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40024  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2749  TetR family transcriptional regulator  77.04 
 
 		 199 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407163  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0196  TetR family transcriptional regulator  76.02 
 
 		 199 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.784528  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0855  TetR family transcriptional regulator  76.02 
 
 		 199 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0563  TetR family transcriptional regulator  76.02 
 
 		 199 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0694  TetR family transcriptional regulator  76.02 
 
 		 199 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357828  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2409  TetR family transcriptional regulator  76.02 
 
 		 199 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2749  TetR family transcriptional regulator  76.02 
 
 		 199 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2329  TetR family transcriptional regulator  76.02 
 
 		 199 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0679  TetR family transcriptional regulator  76.02 
 
 		 199 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0809  transcriptional regulator, TetR family  58.33 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3958  TetR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3478  TetR family transcriptional regulator  57.51 
 
 		 247 aa  230  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.346656  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4033  TetR family transcriptional regulator  57.71 
 
 		 219 aa  229  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000937448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0420  TetR family regulatory protein  58.76 
 
 		 226 aa  229  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1225  TetR family transcriptional regulator  54.29 
 
 		 269 aa  227  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0570  transcriptional regulator, TetR family  52.4 
 
 		 221 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4090  TetR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 342 aa  224  7e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729082 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0591  TetR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.581087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1336  TetR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 235 aa  216  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3520  TetR family transcriptional regulator  51.76 
 
 		 236 aa  210  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0119  TetR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 200 aa  192  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0062  transcriptional regulator, TetR family  50.77 
 
 		 200 aa  187  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1020  TetR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 198 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.13954 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1231  TetR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 196 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.811741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3199  transcriptional regulator, TetR family  44.63 
 
 		 198 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0468642  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3294  transcriptional regulator, TetR family  44.63 
 
 		 198 aa  138  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.164572  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3099  TetR family transcriptional regulator  44.89 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00451486  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 193 aa  126  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0070  transcriptional regulator, TetR family  38.86 
 
 		 202 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 201 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4372  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 224 aa  114  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0837582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0088  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.783228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2565  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 195 aa  109  3e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.908518  normal  0.0361185 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0058  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 		 216 aa  108  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2858  transcriptional regulator, TetR family  38.51 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1907  putative transcriptional regulator, TetR family  38.17 
 
 		 218 aa  101  7e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6800  putative transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 207 aa  99  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0154  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 201 aa  98.2  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.01505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5178  putative transcriptional regulator, TetR family  35.88 
 
 		 197 aa  97.1  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.519918  hitchhiker  0.00157317 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000947  transcriptional regulator  34.12 
 
 		 196 aa  95.1  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4669  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 197 aa  92  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06958  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 198 aa  86.7  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12190  hypothetical protein  46.59 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.52928e-50  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3420  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2281  hypothetical protein  34.17 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120566  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3074  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 197 aa  59.3  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  26.18 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 193 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 192 aa  51.6  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4358  regulatory protein, TetR  27.49 
 
 		 220 aa  50.8  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0457  TetR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 189 aa  51.2  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0881  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.929355 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0875  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0892  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3273  Tetracyclin repressor domain protein  31.25 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120229  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  19.88 
 
 		 196 aa  50.1  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 200 aa  50.1  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 252 aa  50.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5881  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.752924 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  28.31 
 
 		 209 aa  49.3  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3682  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 215 aa  49.3  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.7622  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1745  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 194 aa  48.9  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>