142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3420 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3420  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 202 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3074  transcriptional regulator, TetR family  96.53 
 
 		 202 aa  393  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2858  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0058  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0154  transcriptional regulator, TetR family  41.77 
 
 		 201 aa  114  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.01505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1020  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 198 aa  108  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.13954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6800  putative transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1907  putative transcriptional regulator, TetR family  39 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2281  hypothetical protein  35.45 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120566  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3099  TetR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00451486  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1336  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 235 aa  97.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3199  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 198 aa  95.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0468642  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3294  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 198 aa  95.1  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.164572  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 193 aa  92.8  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4033  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 219 aa  92  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000937448 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4372  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  90.5  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0837582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0070  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 		 202 aa  89  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3958  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 260 aa  89  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5178  putative transcriptional regulator, TetR family  36.6 
 
 		 197 aa  89.4  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.519918  hitchhiker  0.00157317 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4090  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 342 aa  88.2  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729082 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0420  TetR family regulatory protein  31.9 
 
 		 226 aa  87.4  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3921  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6049  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 199 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2773  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 199 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0577  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 199 aa  87  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2640  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 199 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308303  normal  0.133482 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0591  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 221 aa  85.5  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.581087 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0196  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.784528  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0855  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0563  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2110  TetR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2722  TetR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40024  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2749  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2329  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0679  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0694  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357828  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2409  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0809  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 233 aa  85.1  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2749  TetR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.407163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1231  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 196 aa  84.7  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.811741  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0570  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 221 aa  84.7  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1225  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3478  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.346656  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0384  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 201 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.384249  normal  0.354383 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0660  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3520  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4039  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.105463  normal  0.161647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0062  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 200 aa  74.7  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0472  putative transcription regulator protein  31.9 
 
 		 213 aa  74.7  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.19326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4669  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 197 aa  73.9  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12190  hypothetical protein  43.96 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.52928e-50  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2565  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 		 195 aa  72.4  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.908518  normal  0.0361185 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0384  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.422043  normal  0.0982604 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0445  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 213 aa  71.2  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0347  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0362  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 213 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000947  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0088  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.783228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0119  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06958  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  25.83 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 198 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  21.71 
 
 		 194 aa  49.3  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 188 aa  49.7  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 218 aa  49.7  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 186 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 217 aa  48.9  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 215 aa  48.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 193 aa  47.8  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4065  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 224 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2504  putative transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 193 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  27.15 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 215 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02063  putative transcription regulator transcription regulator protein  28.66 
 
 		 224 aa  46.2  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0495626  normal  0.936254 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  35.63 
 
 		 198 aa  45.8  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 224 aa  45.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 193 aa  45.4  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  23.49 
 
 		 191 aa  45.4  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 226 aa  44.7  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0106  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.431172  normal  0.200565 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 204 aa  44.3  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 225 aa  44.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>