More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0045 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 456 aa  944    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  96 
 
 		 451 aa  862    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  95.78 
 
 		 451 aa  858    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  95.56 
 
 		 451 aa  855    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  32.72 
 
 		 384 aa  178  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  32.2 
 
 		 384 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  33.51 
 
 		 411 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  32.38 
 
 		 397 aa  176  6e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  30.1 
 
 		 376 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  30.1 
 
 		 376 aa  158  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  30.1 
 
 		 376 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  30.1 
 
 		 376 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  31.71 
 
 		 393 aa  146  9e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  31.45 
 
 		 434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  30.69 
 
 		 388 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  30.43 
 
 		 402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  25.97 
 
 		 451 aa  109  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  26.72 
 
 		 467 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  25.37 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  25.74 
 
 		 451 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  26.09 
 
 		 430 aa  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  24.94 
 
 		 463 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  27.27 
 
 		 404 aa  100  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  26.96 
 
 		 399 aa  99.8  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  26.76 
 
 		 451 aa  99.8  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  23.97 
 
 		 452 aa  97.4  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  33.19 
 
 		 420 aa  95.1  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  28.5 
 
 		 412 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  26.3 
 
 		 401 aa  94.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  30.64 
 
 		 432 aa  92.4  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  24.21 
 
 		 452 aa  90.9  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  25.97 
 
 		 429 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  24.75 
 
 		 400 aa  89.4  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2401  phage integrase  34.4 
 
 		 242 aa  89.4  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.340015  normal  0.0277032 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  23.91 
 
 		 444 aa  89  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  29.89 
 
 		 482 aa  88.6  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  24.61 
 
 		 400 aa  88.2  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  25.06 
 
 		 399 aa  87.4  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  24.81 
 
 		 399 aa  87.4  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1865  integrase family protein  25.25 
 
 		 401 aa  87.4  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31280  putative integrase  25.25 
 
 		 401 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000488668  unclonable  4.84268e-22 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  30.26 
 
 		 396 aa  87  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  25.65 
 
 		 412 aa  86.7  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  25.07 
 
 		 415 aa  86.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  25.31 
 
 		 400 aa  86.3  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  25.31 
 
 		 400 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  25.07 
 
 		 415 aa  86.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  29.79 
 
 		 429 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  28.63 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  32.48 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.34 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  26.9 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  30.73 
 
 		 367 aa  84.3  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  24.74 
 
 		 400 aa  82.8  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  23.77 
 
 		 399 aa  82.8  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  29.45 
 
 		 365 aa  80.5  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  24.21 
 
 		 421 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  24.42 
 
 		 399 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  27.65 
 
 		 359 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  30.83 
 
 		 353 aa  78.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  26.63 
 
 		 422 aa  78.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  23.34 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  32.43 
 
 		 159 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  28.51 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  30.69 
 
 		 351 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.85 
 
 		 297 aa  75.9  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  32.45 
 
 		 172 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  31.29 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  31.08 
 
 		 347 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  31.08 
 
 		 347 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  31.5 
 
 		 375 aa  74.7  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  26.25 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  31.63 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  31.11 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  25.78 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  29.73 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  30.6 
 
 		 381 aa  73.2  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  21.87 
 
 		 388 aa  72.8  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  32.07 
 
 		 334 aa  72  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  22.73 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  31.37 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  27.15 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  26.56 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  29.3 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.09 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0563  phage integrase family protein  26.94 
 
 		 361 aa  70.1  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.7 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.7 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.7 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  28.16 
 
 		 317 aa  69.3  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  24.56 
 
 		 296 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  31.82 
 
 		 333 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  25.83 
 
 		 307 aa  69.3  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 322 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  25.74 
 
 		 383 aa  68.9  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  26.19 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  27.7 
 
 		 500 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  25.22 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1615  phage integrase family protein  26.64 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0481425  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>