More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1615 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1615  phage integrase family protein  100 
 
 		 368 aa  755    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0481425  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1590  phage integrase family protein  68.13 
 
 		 198 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1593  putative tyrosine recombinase XerD  60.33 
 
 		 184 aa  237  2e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.611626  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5370  integrase family protein  38.35 
 
 		 498 aa  189  5.999999999999999e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.987782 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8918  integrase family protein  34.86 
 
 		 492 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0126697  normal  0.144879 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3873  integrase family protein  36.59 
 
 		 439 aa  170  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00124247  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  33.24 
 
 		 397 aa  160  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  32.49 
 
 		 365 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  33.7 
 
 		 370 aa  158  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0604  integrase family protein  30.96 
 
 		 404 aa  139  7.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1203  phage integrase  29.67 
 
 		 394 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00426039  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2293  phage integrase family protein  30.39 
 
 		 395 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  28.65 
 
 		 369 aa  132  9e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  28.37 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  27.01 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  28.61 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  26.88 
 
 		 389 aa  123  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  28.05 
 
 		 370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0014  integrase family protein  32.52 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6364  integrase family protein  28.22 
 
 		 398 aa  119  9e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  27.91 
 
 		 374 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  27.91 
 
 		 374 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  28.88 
 
 		 390 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  28.7 
 
 		 451 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  30.23 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  29.73 
 
 		 400 aa  116  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0121  integrase family protein  27.23 
 
 		 422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.534504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  31.12 
 
 		 414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  27.95 
 
 		 383 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0924  integrase family protein  27.63 
 
 		 399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1419  integrase family protein  28.52 
 
 		 390 aa  110  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.447287  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  30.75 
 
 		 477 aa  110  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2927  phage integrase family protein  27.18 
 
 		 391 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.229972  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0563  phage integrase family protein  29.51 
 
 		 361 aa  107  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  24.73 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2073  integrase family protein  30.33 
 
 		 451 aa  107  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.087873  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0058  phage integrase family protein  25.35 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.251229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4828  phage integrase  27.62 
 
 		 433 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281268  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  27.18 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2767  integrase family protein  26.92 
 
 		 453 aa  103  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000543052  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  27.98 
 
 		 377 aa  103  6e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3068  phage integrase family protein  27.94 
 
 		 407 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5293  integrase family protein  28.69 
 
 		 399 aa  102  8e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  26.97 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09660  site-specific recombinase, integrase family  26.89 
 
 		 396 aa  100  3e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.458441  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  28.09 
 
 		 376 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  26.14 
 
 		 325 aa  99  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  24.86 
 
 		 413 aa  98.2  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3499  integrase family protein  26.74 
 
 		 368 aa  98.6  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000340769  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2218  phage integrase family protein  27.06 
 
 		 388 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  25.66 
 
 		 373 aa  97.8  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  27.12 
 
 		 378 aa  96.3  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  28.12 
 
 		 370 aa  95.9  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  28.93 
 
 		 363 aa  95.9  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1691  phage integrase family protein  29.71 
 
 		 402 aa  95.5  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.66436 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12675  phiRv2 prophage integrase  28.06 
 
 		 375 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000114455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  26.57 
 
 		 404 aa  95.5  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  25 
 
 		 381 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25.78 
 
 		 379 aa  94.7  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23910  site-specific recombinase XerD  28.25 
 
 		 402 aa  94.4  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.075478  normal  0.15395 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  27.61 
 
 		 377 aa  94.4  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1724  phage integrase family protein  26.3 
 
 		 378 aa  94  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  25.78 
 
 		 435 aa  93.6  6e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  30.21 
 
 		 378 aa  93.2  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  23.5 
 
 		 392 aa  92.8  8e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  28.53 
 
 		 370 aa  92.8  9e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  27.47 
 
 		 357 aa  92  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  25.93 
 
 		 463 aa  92.4  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2508  phage integrase family protein  27.4 
 
 		 385 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377978 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  23.19 
 
 		 354 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0956  site-specific recombinase, phage integrase family  27.76 
 
 		 323 aa  90.9  3e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1562  LacI family transcription regulator  28.28 
 
 		 503 aa  89.7  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.579473  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  27.15 
 
 		 305 aa  89.4  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  28.02 
 
 		 409 aa  89.4  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  23.15 
 
 		 381 aa  88.6  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19160  site-specific recombinase XerD  24.33 
 
 		 356 aa  89  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  0.148917 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  25.08 
 
 		 378 aa  88.2  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  27.36 
 
 		 387 aa  88.2  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0301  integrase  24.63 
 
 		 398 aa  88.6  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3913  phage integrase family protein  28.45 
 
 		 387 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  28.02 
 
 		 302 aa  87.8  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4364  phage integrase family protein  24.73 
 
 		 373 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.80079  normal  0.417396 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  26.48 
 
 		 383 aa  87.4  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  23.15 
 
 		 381 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  27.84 
 
 		 407 aa  86.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  29.28 
 
 		 277 aa  87  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  28.06 
 
 		 454 aa  86.7  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  28.78 
 
 		 304 aa  87  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 295 aa  87  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.8 
 
 		 298 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.8 
 
 		 298 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.03 
 
 		 359 aa  86.7  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  25.16 
 
 		 295 aa  86.3  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  25.16 
 
 		 295 aa  86.3  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.52 
 
 		 295 aa  86.3  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  27.64 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.52 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  26.44 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  27.3 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>