More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3873 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3873  integrase family protein  100 
 
 		 439 aa  874    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00124247  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5370  integrase family protein  42.63 
 
 		 498 aa  371  1e-101  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.987782 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8918  integrase family protein  42.33 
 
 		 492 aa  351  1e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0126697  normal  0.144879 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1615  phage integrase family protein  31.32 
 
 		 368 aa  171  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0481425  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1590  phage integrase family protein  56.25 
 
 		 198 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1593  putative tyrosine recombinase XerD  34.88 
 
 		 184 aa  100  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.611626  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0924  integrase family protein  24.71 
 
 		 399 aa  97.8  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0604  integrase family protein  25.74 
 
 		 404 aa  87.4  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0014  integrase family protein  30.22 
 
 		 367 aa  82.8  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6364  integrase family protein  24.55 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3499  integrase family protein  25.92 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000340769  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  27.08 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  22.08 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  26.98 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  28.32 
 
 		 477 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  21.84 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2073  integrase family protein  25.46 
 
 		 451 aa  73.6  0.000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.087873  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  26.64 
 
 		 391 aa  72.8  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  20.77 
 
 		 369 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4219  phage integrase family protein  27.54 
 
 		 463 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0039  integrase family protein  25.46 
 
 		 451 aa  71.2  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4828  phage integrase  24.55 
 
 		 433 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281268  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  29.08 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  18.97 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  18.39 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09660  site-specific recombinase, integrase family  45 
 
 		 396 aa  67  0.0000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.458441  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1182  phage integrase family protein  25.25 
 
 		 376 aa  66.6  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913824  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2767  integrase family protein  25.17 
 
 		 453 aa  66.2  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000543052  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3913  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 387 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  24.21 
 
 		 379 aa  65.9  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2293  phage integrase family protein  24.82 
 
 		 395 aa  65.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  27.39 
 
 		 383 aa  65.1  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1203  phage integrase  26.47 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00426039  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  29.05 
 
 		 377 aa  62.8  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4364  phage integrase family protein  27.23 
 
 		 373 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.80079  normal  0.417396 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  24.49 
 
 		 363 aa  62  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  22.93 
 
 		 392 aa  62  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  20.36 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1823  hypothetical protein  34.71 
 
 		 207 aa  62  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.202814  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  18.7 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  25.41 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  40.74 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  26.46 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  26.46 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  50 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  25.58 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0121  integrase family protein  27.67 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.534504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.7 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1419  integrase family protein  27.17 
 
 		 390 aa  59.3  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.447287  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  24.43 
 
 		 381 aa  59.7  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  22.96 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2060  hypothetical protein  45.24 
 
 		 115 aa  58.5  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.352695  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  25 
 
 		 370 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  30.53 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  24.71 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  47.89 
 
 		 328 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  22.03 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  47.89 
 
 		 328 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1724  phage integrase family protein  28.32 
 
 		 378 aa  57.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  28.87 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  27.12 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  25.13 
 
 		 443 aa  57.4  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  23.86 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  46.55 
 
 		 379 aa  57  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.44 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  47.89 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2625  phage integrase family protein  22.62 
 
 		 409 aa  56.6  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0300817  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  36.19 
 
 		 308 aa  56.2  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  26.95 
 
 		 322 aa  56.2  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.44 
 
 		 317 aa  56.2  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  23.61 
 
 		 390 aa  56.2  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  41.43 
 
 		 311 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2927  phage integrase family protein  27.23 
 
 		 391 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.229972  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  22.77 
 
 		 386 aa  55.1  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3794  integrase family protein  45.71 
 
 		 445 aa  55.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0397442 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  49.09 
 
 		 316 aa  55.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1562  LacI family transcription regulator  29.2 
 
 		 503 aa  55.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.579473  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  32.52 
 
 		 298 aa  55.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  38.82 
 
 		 304 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  35.92 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  43.1 
 
 		 313 aa  55.5  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  21.95 
 
 		 392 aa  55.1  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3743  integrase family protein  45.71 
 
 		 445 aa  55.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  48.39 
 
 		 332 aa  55.1  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  42.65 
 
 		 311 aa  54.7  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  37.29 
 
 		 370 aa  54.7  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  43.1 
 
 		 323 aa  55.1  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  40.4 
 
 		 293 aa  54.7  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  29.6 
 
 		 318 aa  55.1  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  36.46 
 
 		 294 aa  55.1  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 319 aa  54.7  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12675  phiRv2 prophage integrase  28.57 
 
 		 375 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000114455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  22.5 
 
 		 354 aa  54.7  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  47.06 
 
 		 292 aa  55.1  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2508  phage integrase family protein  26.22 
 
 		 385 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377978 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  43.75 
 
 		 378 aa  54.3  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  25.35 
 
 		 294 aa  54.3  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  22.45 
 
 		 370 aa  54.7  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  43.06 
 
 		 310 aa  54.3  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  42.65 
 
 		 311 aa  54.7  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>