More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4425 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  100 
 
 		 435 aa  899    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  79.95 
 
 		 391 aa  653    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  79.18 
 
 		 391 aa  646    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  73.71 
 
 		 389 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  73.71 
 
 		 389 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  73.45 
 
 		 389 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  72.94 
 
 		 389 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  46.65 
 
 		 401 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  47.63 
 
 		 393 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  42.67 
 
 		 426 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 422 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 324 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 326 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 373 aa  138  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 495 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 		 312 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.18 
 
 		 312 aa  136  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 		 313 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 312 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 459 aa  133  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 527 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 		 312 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 357 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 517 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 559 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 615 aa  131  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 686 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 800 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 661 aa  130  6e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 796 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 374 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 353 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 698 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.24 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 569 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.84 
 
 		 334 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 487 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 796 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 490 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 544 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 495 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 485 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 540 aa  128  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 531 aa  128  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  38.32 
 
 		 266 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.25 
 
 		 441 aa  127  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 278 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 381 aa  127  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 794 aa  127  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 405 aa  127  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 298 aa  127  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 491 aa  126  7e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.93 
 
 		 482 aa  126  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 628 aa  126  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  38.51 
 
 		 457 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 382 aa  126  9e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35 
 
 		 413 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 364 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 		 769 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 631 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.51 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 220 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 322 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 		 772 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.22 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.39 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 485 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.56 
 
 		 493 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 381 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 620 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 464 aa  124  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  39.75 
 
 		 457 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  27.6 
 
 		 411 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  39.64 
 
 		 563 aa  124  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 304 aa  124  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40 
 
 		 461 aa  124  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 311 aa  124  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  39.64 
 
 		 796 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 311 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 311 aa  124  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 311 aa  124  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 311 aa  124  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 311 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 311 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 610 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 385 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 485 aa  123  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>