More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3525 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  100 
 
 		 227 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  55.5 
 
 		 738 aa  250  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  55.86 
 
 		 736 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  52.91 
 
 		 735 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  58.74 
 
 		 753 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  55.31 
 
 		 452 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  56.14 
 
 		 456 aa  191  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 659 aa  181  6e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  53.01 
 
 		 432 aa  174  7e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  52.41 
 
 		 432 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.62 
 
 		 669 aa  167  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.07 
 
 		 1078 aa  166  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  50.31 
 
 		 565 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  51.18 
 
 		 237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 438 aa  164  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  46.43 
 
 		 340 aa  162  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 492 aa  161  6e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  50 
 
 		 689 aa  161  8.000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 768 aa  161  8.000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.5 
 
 		 505 aa  161  9e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 304 aa  159  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  47.1 
 
 		 487 aa  159  3e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  46.96 
 
 		 332 aa  158  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 476 aa  158  7e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.48 
 
 		 302 aa  158  8e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  46.25 
 
 		 634 aa  158  8e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 336 aa  157  9e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 539 aa  157  9e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 419 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  50 
 
 		 339 aa  156  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.17 
 
 		 610 aa  156  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.15 
 
 		 424 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 366 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  45.14 
 
 		 474 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.06 
 
 		 791 aa  153  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 379 aa  153  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  43.9 
 
 		 368 aa  153  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 		 772 aa  153  2.9999999999999998e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 794 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.27 
 
 		 353 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.75 
 
 		 901 aa  152  5e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 		 407 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 439 aa  151  8e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 362 aa  150  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 		 496 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 637 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 686 aa  150  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 714 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  48.21 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 420 aa  149  4e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  48.72 
 
 		 532 aa  149  4e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.56 
 
 		 751 aa  149  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 354 aa  148  6e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  47.17 
 
 		 531 aa  148  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  49.7 
 
 		 308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 614 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  48.8 
 
 		 455 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.17 
 
 		 454 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 696 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 495 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.93 
 
 		 796 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 314 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 611 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  41.55 
 
 		 378 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 460 aa  146  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  46.39 
 
 		 345 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 		 493 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 800 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 620 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.9 
 
 		 459 aa  145  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 508 aa  145  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 307 aa  145  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 510 aa  145  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 437 aa  145  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 493 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 365 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 454 aa  144  8.000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  42.02 
 
 		 323 aa  144  8.000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  47.25 
 
 		 510 aa  144  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  47.25 
 
 		 510 aa  144  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.15 
 
 		 646 aa  144  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  47.25 
 
 		 510 aa  144  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04420  hypothetical protein  45.18 
 
 		 376 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  48.5 
 
 		 470 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 451 aa  143  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 454 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 373 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.3 
 
 		 418 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 401 aa  143  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 380 aa  143  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 291 aa  142  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 591 aa  142  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 361 aa  142  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 775 aa  142  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 350 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.31 
 
 		 730 aa  143  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 345 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  46.99 
 
 		 461 aa  142  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  45 
 
 		 403 aa  142  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>