More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3194 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  55.23 
 
 
754 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  57.55 
 
 
756 aa  804    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  56.7 
 
 
763 aa  779    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.71 
 
 
754 aa  759    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
726 aa  1471    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  54 
 
 
726 aa  723    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.25 
 
 
760 aa  818    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  54.29 
 
 
785 aa  725    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.08 
 
 
754 aa  733    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.94 
 
 
754 aa  742    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.81 
 
 
683 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.4 
 
 
693 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  40.75 
 
 
685 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  38.68 
 
 
689 aa  457  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.92 
 
 
686 aa  454  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  38.85 
 
 
687 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.52 
 
 
709 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.02 
 
 
685 aa  449  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  39.6 
 
 
685 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 
695 aa  445  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.57 
 
 
695 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.6 
 
 
693 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.71 
 
 
695 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  39.22 
 
 
701 aa  437  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.45 
 
 
695 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.94 
 
 
689 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.67 
 
 
694 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  38.33 
 
 
699 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.54 
 
 
692 aa  432  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.9 
 
 
693 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 
710 aa  434  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  38.18 
 
 
699 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  38.42 
 
 
691 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  38.18 
 
 
699 aa  432  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  38.03 
 
 
699 aa  429  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.75 
 
 
709 aa  426  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.18 
 
 
716 aa  421  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  38.84 
 
 
703 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.17 
 
 
724 aa  419  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  38.11 
 
 
703 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.2 
 
 
689 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.73 
 
 
689 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  35.96 
 
 
678 aa  399  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  36.83 
 
 
688 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  36.83 
 
 
688 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
688 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
688 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
688 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 
688 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.86 
 
 
965 aa  379  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.39 
 
 
947 aa  382  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.15 
 
 
1508 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.15 
 
 
1508 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.15 
 
 
1508 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.15 
 
 
1508 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  33.43 
 
 
694 aa  375  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.3 
 
 
685 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.92 
 
 
721 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.93 
 
 
713 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.473788 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.99 
 
 
855 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  43.15 
 
 
721 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.96 
 
 
1504 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  38.15 
 
 
696 aa  367  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.96 
 
 
1505 aa  369  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  38.15 
 
 
696 aa  367  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.96 
 
 
1504 aa  368  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3572  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.05 
 
 
658 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  42.49 
 
 
1515 aa  365  1e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.12 
 
 
876 aa  365  1e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  43.27 
 
 
1245 aa  366  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.81 
 
 
1499 aa  364  3e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  41.7 
 
 
756 aa  364  3e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  43.27 
 
 
1245 aa  364  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  41.89 
 
 
1093 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.02 
 
 
1511 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  43.59 
 
 
1502 aa  363  6e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 
1107 aa  363  7.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.62 
 
 
1275 aa  363  9e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  43.09 
 
 
762 aa  362  1e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.53 
 
 
1486 aa  362  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  43.43 
 
 
792 aa  362  2e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.91 
 
 
713 aa  361  3e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  40.92 
 
 
921 aa  361  3e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.7 
 
 
761 aa  360  4e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  41.93 
 
 
1055 aa  360  5e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  43.43 
 
 
792 aa  360  5e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.14 
 
 
1040 aa  360  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.06 
 
 
827 aa  359  9.999999999999999e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.39 
 
 
1027 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
1276 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.7 
 
 
633 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.09 
 
 
1466 aa  357  5e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.36 
 
 
802 aa  356  7.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.07 
 
 
862 aa  356  8.999999999999999e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0886  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.96 
 
 
685 aa  355  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  41.63 
 
 
1278 aa  355  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  44.14 
 
 
828 aa  355  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.22 
 
 
853 aa  355  2e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000400428 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.11 
 
 
1147 aa  354  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.02 
 
 
860 aa  354  4e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>