More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1808 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  59.26 
 
 		 648 aa  725    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.72 
 
 		 648 aa  716    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  69.2 
 
 		 650 aa  861    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.74 
 
 		 648 aa  773    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.95 
 
 		 648 aa  726    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  55.33 
 
 		 650 aa  706    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 650 aa  1307    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.26 
 
 		 648 aa  725    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  54.33 
 
 		 650 aa  692    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  68.92 
 
 		 650 aa  841    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.01 
 
 		 637 aa  381  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 		 637 aa  358  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.84 
 
 		 637 aa  344  4e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.2 
 
 		 663 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  30.58 
 
 		 639 aa  292  2e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  30.43 
 
 		 639 aa  291  2e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.45 
 
 		 642 aa  288  2.9999999999999996e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 		 645 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 		 638 aa  281  4e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.62 
 
 		 635 aa  271  4e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 		 649 aa  257  6e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.6 
 
 		 645 aa  248  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.13 
 
 		 632 aa  241  2.9999999999999997e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.71 
 
 		 663 aa  241  2.9999999999999997e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.57 
 
 		 703 aa  237  6e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 		 640 aa  226  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  24.58 
 
 		 640 aa  224  4.9999999999999996e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  23.93 
 
 		 627 aa  221  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  26.83 
 
 		 649 aa  219  1e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  25.9 
 
 		 654 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  25 
 
 		 641 aa  214  4.9999999999999996e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  27.16 
 
 		 649 aa  209  1e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.65 
 
 		 640 aa  207  7e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  24.38 
 
 		 636 aa  201  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  27.49 
 
 		 639 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.04 
 
 		 639 aa  196  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  25.65 
 
 		 640 aa  195  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.36 
 
 		 640 aa  194  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 		 639 aa  194  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 		 639 aa  194  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.41 
 
 		 640 aa  194  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.94 
 
 		 639 aa  192  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.68 
 
 		 639 aa  191  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 		 640 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.72 
 
 		 639 aa  189  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.59 
 
 		 696 aa  189  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.88 
 
 		 639 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.88 
 
 		 639 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.88 
 
 		 639 aa  187  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.65 
 
 		 639 aa  187  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  25.34 
 
 		 640 aa  165  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.43 
 
 		 632 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.7 
 
 		 632 aa  147  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 		 634 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  24.89 
 
 		 646 aa  144  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 		 634 aa  144  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 634 aa  144  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.31 
 
 		 738 aa  143  8e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.06 
 
 		 634 aa  143  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 		 634 aa  143  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.84 
 
 		 634 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 		 642 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  23.84 
 
 		 634 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  28.9 
 
 		 1076 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.84 
 
 		 634 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  27.52 
 
 		 661 aa  141  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  26 
 
 		 676 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  27.84 
 
 		 811 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.88 
 
 		 634 aa  138  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  26.16 
 
 		 669 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.79 
 
 		 634 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  29.14 
 
 		 571 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.6 
 
 		 631 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.83 
 
 		 634 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  27.44 
 
 		 728 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  28.51 
 
 		 734 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.98 
 
 		 728 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  28.17 
 
 		 568 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.12 
 
 		 749 aa  130  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.89 
 
 		 658 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  27.7 
 
 		 656 aa  130  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.77 
 
 		 673 aa  129  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.9 
 
 		 803 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 		 728 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 		 728 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  24.6 
 
 		 638 aa  128  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  24.61 
 
 		 673 aa  128  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  24.6 
 
 		 637 aa  128  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.42 
 
 		 667 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.973751  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1791  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.59 
 
 		 757 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  24.6 
 
 		 638 aa  128  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  26.85 
 
 		 643 aa  126  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.7 
 
 		 644 aa  125  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 		 1466 aa  124  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0188  GGDEF domain-containing protein  26.53 
 
 		 685 aa  124  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.7 
 
 		 1248 aa  124  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.18 
 
 		 783 aa  124  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.7 
 
 		 735 aa  123  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.999048  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  28.67 
 
 		 1245 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>