More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0401 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
544 aa  1050    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  38.97 
 
 
546 aa  264  4e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.65 
 
 
450 aa  231  3e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  37.48 
 
 
562 aa  231  3e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  43.41 
 
 
576 aa  229  1e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  33.96 
 
 
627 aa  224  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  46.86 
 
 
614 aa  209  8e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.07 
 
 
553 aa  209  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  51.61 
 
 
427 aa  206  9e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  45.48 
 
 
866 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  45.93 
 
 
607 aa  195  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  45.48 
 
 
865 aa  194  4e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  34.02 
 
 
956 aa  192  9e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  46.08 
 
 
685 aa  187  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  33.15 
 
 
693 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  44.03 
 
 
652 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  42.3 
 
 
932 aa  181  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  39.66 
 
 
576 aa  179  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  33.63 
 
 
700 aa  176  9e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.12 
 
 
775 aa  176  9e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  45.91 
 
 
607 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  41.85 
 
 
692 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  42.47 
 
 
308 aa  173  7.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.18 
 
 
702 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  36.48 
 
 
618 aa  170  5e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  39.79 
 
 
670 aa  168  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.93 
 
 
1711 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  43.85 
 
 
730 aa  167  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  41.91 
 
 
930 aa  167  6.9999999999999995e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  42.52 
 
 
583 aa  166  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  33.09 
 
 
572 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.71 
 
 
697 aa  163  7e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  33.56 
 
 
688 aa  162  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  44.48 
 
 
770 aa  162  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  34.07 
 
 
692 aa  160  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  40.27 
 
 
723 aa  159  1e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  44.15 
 
 
547 aa  157  5.0000000000000005e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  39.7 
 
 
574 aa  150  8e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  40.73 
 
 
585 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  41.53 
 
 
567 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  43.93 
 
 
760 aa  147  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.2 
 
 
579 aa  146  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  39.25 
 
 
1432 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  28.81 
 
 
817 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  31.1 
 
 
676 aa  140  8.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  35.8 
 
 
753 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  37.21 
 
 
580 aa  134  3e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
757 aa  134  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  36.39 
 
 
709 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.66 
 
 
560 aa  133  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  43.33 
 
 
260 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  36 
 
 
453 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  42.62 
 
 
523 aa  131  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  39.38 
 
 
594 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  39.38 
 
 
643 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  35.6 
 
 
776 aa  130  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  37.38 
 
 
828 aa  130  7.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.46 
 
 
573 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.18 
 
 
738 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  37.86 
 
 
1039 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  35.74 
 
 
537 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.83 
 
 
952 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.19 
 
 
1390 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  28.42 
 
 
688 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.19 
 
 
1390 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.19 
 
 
1390 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
1248 aa  128  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  35.25 
 
 
591 aa  127  6e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2083  PAS/protein phosphatase 2C-like  30.37 
 
 
672 aa  126  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.78 
 
 
750 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 
1361 aa  125  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  36.63 
 
 
744 aa  124  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  39.02 
 
 
1051 aa  124  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  36.13 
 
 
693 aa  124  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35 
 
 
1045 aa  123  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  29.66 
 
 
765 aa  123  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.74 
 
 
613 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  36.5 
 
 
746 aa  122  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  41.8 
 
 
570 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 
1385 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  38.2 
 
 
772 aa  121  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  42.37 
 
 
847 aa  120  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.86 
 
 
616 aa  120  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  40.38 
 
 
697 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.97 
 
 
851 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
1370 aa  117  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  38.72 
 
 
538 aa  116  8.999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  37.55 
 
 
745 aa  116  8.999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  32.39 
 
 
721 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  31.96 
 
 
713 aa  116  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.11 
 
 
583 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
754 aa  113  9e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  39.45 
 
 
713 aa  113  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  39.91 
 
 
722 aa  113  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  37.18 
 
 
1225 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  46.03 
 
 
797 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.6 
 
 
549 aa  112  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5852  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.68 
 
 
424 aa  111  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.910285  normal  0.678328 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  38.75 
 
 
1017 aa  110  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  34.67 
 
 
716 aa  108  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>