More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6329 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  64.77 
 
 		 913 aa  1166    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  68.05 
 
 		 914 aa  1185    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  67.87 
 
 		 914 aa  1239    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  70.34 
 
 		 911 aa  1253    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  68.25 
 
 		 930 aa  1247    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  65.59 
 
 		 866 aa  1117    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  62.75 
 
 		 900 aa  1095    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  45.56 
 
 		 856 aa  674    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 895 aa  1822    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  63.73 
 
 		 881 aa  1132    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  45.33 
 
 		 845 aa  659    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  61.89 
 
 		 886 aa  1079    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  42.27 
 
 		 834 aa  638    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  43.62 
 
 		 865 aa  655    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  63.31 
 
 		 888 aa  1121    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  62.85 
 
 		 893 aa  1093    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  63.83 
 
 		 882 aa  1131    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  60.53 
 
 		 918 aa  1065    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  64.14 
 
 		 883 aa  1135    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  42.35 
 
 		 845 aa  620  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  41.58 
 
 		 867 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  40.83 
 
 		 863 aa  607  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  42.99 
 
 		 837 aa  604  1.0000000000000001e-171  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  40.89 
 
 		 940 aa  594  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  39.71 
 
 		 954 aa  591  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  39.18 
 
 		 837 aa  580  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  40.09 
 
 		 843 aa  578  1.0000000000000001e-163  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  39.64 
 
 		 932 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  39.57 
 
 		 927 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  38.88 
 
 		 851 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.68 
 
 		 815 aa  568  1e-160  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.51 
 
 		 846 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  40.2 
 
 		 837 aa  568  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  40.67 
 
 		 868 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  38.55 
 
 		 936 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  40.06 
 
 		 927 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  40.22 
 
 		 868 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  38.76 
 
 		 949 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  37.28 
 
 		 1001 aa  561  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  38.55 
 
 		 936 aa  562  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  37.44 
 
 		 866 aa  558  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  39.01 
 
 		 871 aa  558  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  39.69 
 
 		 901 aa  554  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  38.26 
 
 		 848 aa  555  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  37.75 
 
 		 853 aa  554  1e-156  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  38.57 
 
 		 825 aa  551  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  38.86 
 
 		 882 aa  546  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  39.31 
 
 		 939 aa  545  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  37.76 
 
 		 840 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  39.07 
 
 		 846 aa  528  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  38.49 
 
 		 847 aa  525  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  37.59 
 
 		 833 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  36.17 
 
 		 902 aa  521  1e-146  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  36.14 
 
 		 822 aa  522  1e-146  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  38.02 
 
 		 833 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  38.58 
 
 		 832 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  37.92 
 
 		 817 aa  514  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.51 
 
 		 864 aa  515  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  37.28 
 
 		 833 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  35.28 
 
 		 818 aa  503  1e-141  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  38.3 
 
 		 825 aa  499  1e-140  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.25 
 
 		 896 aa  488  1e-136  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  36.47 
 
 		 872 aa  481  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.43 
 
 		 871 aa  478  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  35 
 
 		 877 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.46 
 
 		 644 aa  466  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  60.93 
 
 		 383 aa  447  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.44 
 
 		 861 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.08 
 
 		 847 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.92 
 
 		 855 aa  441  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.54 
 
 		 658 aa  435  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.31 
 
 		 656 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  40.47 
 
 		 684 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.54 
 
 		 683 aa  412  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  33.69 
 
 		 896 aa  401  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  38.59 
 
 		 658 aa  399  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  38.8 
 
 		 651 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  36.88 
 
 		 651 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  41.17 
 
 		 603 aa  367  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  40.92 
 
 		 534 aa  355  2.9999999999999997e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.33 
 
 		 813 aa  331  3e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  54.95 
 
 		 299 aa  326  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.18 
 
 		 646 aa  319  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  69 
 
 		 213 aa  279  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  31.09 
 
 		 815 aa  273  1e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.82 
 
 		 657 aa  245  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  37.05 
 
 		 737 aa  235  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.92 
 
 		 789 aa  234  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.06 
 
 		 343 aa  233  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  32.98 
 
 		 816 aa  232  3e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.27 
 
 		 858 aa  227  6e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  36.87 
 
 		 1163 aa  221  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  39.38 
 
 		 343 aa  220  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  37.95 
 
 		 726 aa  218  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  36.1 
 
 		 1157 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.03 
 
 		 292 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  39.55 
 
 		 980 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  40.07 
 
 		 301 aa  212  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 878 aa  210  1e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  31.48 
 
 		 831 aa  208  3e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>