118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4531 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  100 
 
 		 289 aa  587  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  52.81 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  55.56 
 
 		 287 aa  308  6.999999999999999e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  55.7 
 
 		 310 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  46.32 
 
 		 355 aa  247  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  45.14 
 
 		 281 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  41.97 
 
 		 285 aa  209  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  44.73 
 
 		 230 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  46.74 
 
 		 272 aa  201  9e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  43.12 
 
 		 262 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  38.75 
 
 		 271 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  36.01 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  37.43 
 
 		 348 aa  126  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  33.33 
 
 		 327 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  33.33 
 
 		 440 aa  97.4  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  32.09 
 
 		 308 aa  92.4  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  34.92 
 
 		 317 aa  90.9  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  36.8 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  26.32 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  26.32 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  29.64 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  38.71 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  68.42 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  29.37 
 
 		 154 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  29.37 
 
 		 154 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  29.37 
 
 		 154 aa  67  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  29.37 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1543  hypothetical protein  30.99 
 
 		 192 aa  65.1  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  65.79 
 
 		 257 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  30.72 
 
 		 182 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  57.5 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.48 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  47.27 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  30.72 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  61.11 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3443  endonuclease  31.03 
 
 		 171 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.861488  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7869  hypothetical protein  38.46 
 
 		 250 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  45.45 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01945  hypothetical protein  31.2 
 
 		 386 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  58.33 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3538  hypothetical protein  26.63 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  51.02 
 
 		 739 aa  60.8  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  60 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  33.61 
 
 		 585 aa  58.9  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  60.53 
 
 		 744 aa  57.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4576  restriction endonuclease  29.75 
 
 		 169 aa  58.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000197116  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  55.88 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00723  hypothetical protein  33.05 
 
 		 323 aa  57  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.346466  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3007  restriction endonuclease  31.78 
 
 		 454 aa  56.6  0.0000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3380  restriction endonuclease  34.4 
 
 		 453 aa  56.2  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  33.93 
 
 		 799 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  33.93 
 
 		 799 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2898  restriction endonuclease  32.56 
 
 		 454 aa  55.5  0.0000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  52.63 
 
 		 255 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  37.14 
 
 		 256 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3258  restriction endonuclease  31.78 
 
 		 454 aa  55.1  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  48.78 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4245  restriction endonuclease  28.32 
 
 		 368 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114082  normal  0.143836 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  27.4 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3127  restriction endonuclease  32.56 
 
 		 454 aa  54.7  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  40 
 
 		 267 aa  53.9  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  29.57 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  24.85 
 
 		 349 aa  53.5  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2800  hypothetical protein  35.71 
 
 		 313 aa  53.1  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0352822  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  35.83 
 
 		 493 aa  52  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6502  restriction endonuclease  32.67 
 
 		 326 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.843252 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  34.85 
 
 		 291 aa  51.6  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  52.17 
 
 		 259 aa  51.2  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  30.26 
 
 		 230 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3831  restriction endonuclease  31.61 
 
 		 222 aa  50.8  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.504665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3295  restriction endonuclease  32.23 
 
 		 346 aa  50.4  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.978849  normal  0.622246 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6871  restriction endonuclease  34.21 
 
 		 200 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1996  Mrr restriction system protein-like  28.35 
 
 		 447 aa  49.3  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00366255  normal  0.311144 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1559  restriction endonuclease  35.8 
 
 		 193 aa  49.3  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000151262 
 
 
-
 
NC_002950  PG0968  Mrr restriction system protein  27.15 
 
 		 305 aa  49.3  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  41.82 
 
 		 228 aa  49.3  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0304  endonuclease  29.82 
 
 		 320 aa  48.9  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  27.82 
 
 		 730 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3686  restriction endonuclease  29.41 
 
 		 421 aa  48.9  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1312  restriction endonuclease  30.4 
 
 		 455 aa  47.8  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  51.35 
 
 		 671 aa  48.1  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  32.71 
 
 		 400 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0474  restriction endonuclease  29.91 
 
 		 364 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.674991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1502  restriction endonuclease  29.41 
 
 		 307 aa  47.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.677027  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  34.62 
 
 		 403 aa  47.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  51.35 
 
 		 671 aa  47.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  32.88 
 
 		 281 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2544  hypothetical protein  32.17 
 
 		 336 aa  47.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.111302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  51.35 
 
 		 671 aa  47.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1302  restriction endonuclease  29.69 
 
 		 233 aa  46.2  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126864  normal  0.634678 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1273  restriction endonuclease  29.69 
 
 		 233 aa  45.8  0.0008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1290  restriction endonuclease  29.69 
 
 		 233 aa  45.8  0.0008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.708132  normal  0.357779 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0711  restriction endonuclease  33.58 
 
 		 168 aa  45.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000595924  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1446  restriction endonuclease  29.03 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0714463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3449  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  48.57 
 
 		 249 aa  45.8  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2767  restriction endonuclease  31.97 
 
 		 520 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1346  DNA topoisomerase I  36.14 
 
 		 708 aa  45.4  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000122971  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0154  restriction endonuclease  21.81 
 
 		 305 aa  45.4  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1958  restriction endonuclease  29.13 
 
 		 312 aa  45.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.89806  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  31.82 
 
 		 374 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>