100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3416 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  100 
 
 		 281 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  46.76 
 
 		 287 aa  261  8.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  45.14 
 
 		 289 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  45.07 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  43.65 
 
 		 310 aa  226  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  43.22 
 
 		 355 aa  217  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  41.86 
 
 		 285 aa  198  9e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  43.5 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  38.7 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  43.97 
 
 		 272 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  36.68 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  39.9 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  31.71 
 
 		 348 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  33.51 
 
 		 317 aa  96.7  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  30.35 
 
 		 440 aa  95.1  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  30.35 
 
 		 327 aa  94.7  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  34.66 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  31.69 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  31.69 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  32.84 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  30.56 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3538  hypothetical protein  30.29 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  29.82 
 
 		 154 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1559  restriction endonuclease  33.64 
 
 		 193 aa  65.5  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000151262 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  30.36 
 
 		 154 aa  64.7  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  30.36 
 
 		 125 aa  64.3  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  29.82 
 
 		 154 aa  64.3  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  37.84 
 
 		 739 aa  63.5  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  30.26 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  30.26 
 
 		 182 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  63.16 
 
 		 154 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  63.89 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  55.56 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  30.25 
 
 		 585 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  50.98 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  58.33 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  61.76 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  61.11 
 
 		 257 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  50 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  50 
 
 		 256 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  33.04 
 
 		 493 aa  56.6  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  36.28 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  58.33 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1543  hypothetical protein  30.7 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  34.82 
 
 		 799 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  27.34 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  34.82 
 
 		 799 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3831  restriction endonuclease  31.58 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.504665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  57.5 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  48.65 
 
 		 269 aa  55.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  60.53 
 
 		 259 aa  55.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4576  restriction endonuclease  31.68 
 
 		 169 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000197116  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  28.83 
 
 		 326 aa  53.9  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3443  endonuclease  32 
 
 		 171 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.861488  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  31.86 
 
 		 403 aa  52.8  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  43.1 
 
 		 730 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  48.72 
 
 		 267 aa  52  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4245  restriction endonuclease  37.36 
 
 		 368 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114082  normal  0.143836 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2800  hypothetical protein  28.93 
 
 		 313 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0352822  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3686  restriction endonuclease  36.73 
 
 		 421 aa  50.8  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  42.55 
 
 		 255 aa  49.7  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  26.45 
 
 		 359 aa  49.3  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  25.58 
 
 		 281 aa  49.3  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6502  restriction endonuclease  34.26 
 
 		 326 aa  48.9  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.843252 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  38.46 
 
 		 228 aa  48.9  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  37.88 
 
 		 671 aa  47.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7869  hypothetical protein  32.5 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3449  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  41.46 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  38.1 
 
 		 671 aa  47.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0158  DNA topoisomerase I  42.62 
 
 		 765 aa  46.6  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3295  restriction endonuclease  28.74 
 
 		 346 aa  47  0.0004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.978849  normal  0.622246 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0474  restriction endonuclease  36.67 
 
 		 364 aa  46.6  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.674991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  33.33 
 
 		 666 aa  46.2  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2923  DNA topoisomerase III  37.31 
 
 		 654 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177177  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2745  restriction endonuclease  36.79 
 
 		 222 aa  45.8  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6871  restriction endonuclease  29.87 
 
 		 200 aa  45.8  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3295  DNA topoisomerase III  37.31 
 
 		 655 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.17428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  27.62 
 
 		 374 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  48.72 
 
 		 744 aa  45.8  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  33.33 
 
 		 230 aa  45.8  0.0009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00723  hypothetical protein  27.19 
 
 		 323 aa  45.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.346466  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  45.95 
 
 		 655 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  36.51 
 
 		 671 aa  45.4  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2529  DNA topoisomerase III  36.78 
 
 		 722 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  48.65 
 
 		 670 aa  44.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  48.65 
 
 		 680 aa  44.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  23.91 
 
 		 349 aa  43.9  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  46.15 
 
 		 671 aa  43.9  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1093  restriction endonuclease  32.97 
 
 		 341 aa  44.3  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.237705  normal  0.32417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  45.95 
 
 		 670 aa  43.9  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  45.95 
 
 		 670 aa  43.1  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1622  hypothetical protein  32.14 
 
 		 207 aa  43.1  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.792875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  45.95 
 
 		 670 aa  43.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0304  endonuclease  25.26 
 
 		 320 aa  43.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3601  restriction endonuclease  27.78 
 
 		 293 aa  42.7  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2218  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  45.24 
 
 		 171 aa  42.7  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.19178 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1845  restriction endonuclease  29.09 
 
 		 190 aa  42.7  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  54.29 
 
 		 696 aa  42.4  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  43.24 
 
 		 670 aa  42  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2544  hypothetical protein  30.17 
 
 		 336 aa  42  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.111302  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>