165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00289 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  100 
 
 
252 aa  525  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  40.39 
 
 
271 aa  200  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  37.37 
 
 
287 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  35.27 
 
 
355 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  36.01 
 
 
289 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  35 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  36.68 
 
 
281 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  34.63 
 
 
285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  34.59 
 
 
310 aa  148  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  38.1 
 
 
230 aa  138  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  35.63 
 
 
262 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  33.71 
 
 
272 aa  122  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  35.71 
 
 
348 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  31.28 
 
 
440 aa  103  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  31.28 
 
 
327 aa  102  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  35.71 
 
 
317 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  27.1 
 
 
314 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  25.88 
 
 
323 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  25.88 
 
 
323 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  30.22 
 
 
308 aa  93.6  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  39.5 
 
 
421 aa  85.1  9e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1543  hypothetical protein  26.9 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1446  restriction endonuclease  37.5 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0714463  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2804  restriction endonuclease  28.57 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3831  restriction endonuclease  28.5 
 
 
222 aa  69.3  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.504665  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3481  restriction endonuclease  28.95 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3443  endonuclease  33.83 
 
 
171 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.861488  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  64.86 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  48.33 
 
 
338 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2800  hypothetical protein  30.65 
 
 
313 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0352822  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  28.66 
 
 
182 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  27.46 
 
 
154 aa  63.5  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  27.04 
 
 
585 aa  62.8  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  37.23 
 
 
267 aa  62.8  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  28.66 
 
 
182 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3538  hypothetical protein  26.55 
 
 
276 aa  62.4  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281391  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1845  restriction endonuclease  25.51 
 
 
190 aa  62.4  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261975  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  26.76 
 
 
154 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  26.76 
 
 
154 aa  60.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  47.17 
 
 
269 aa  60.1  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  30.15 
 
 
349 aa  59.7  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4576  restriction endonuclease  28.18 
 
 
169 aa  58.9  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000197116  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  26.92 
 
 
326 aa  58.2  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0084  restriction endonuclease  23.27 
 
 
196 aa  57.8  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  26.45 
 
 
125 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2534  restriction endonuclease  33.57 
 
 
302 aa  56.6  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.983155  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0154  restriction endonuclease  31.43 
 
 
305 aa  56.2  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0474  restriction endonuclease  36.36 
 
 
364 aa  55.8  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.674991  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01945  hypothetical protein  26.67 
 
 
386 aa  55.8  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  34.65 
 
 
291 aa  55.5  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  41.67 
 
 
329 aa  54.7  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  66.67 
 
 
256 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  44.23 
 
 
739 aa  54.3  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  55.26 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4209  restriction endonuclease  30.19 
 
 
311 aa  53.5  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000116308 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  38.98 
 
 
260 aa  53.1  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  32.43 
 
 
799 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  32.43 
 
 
799 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  55.56 
 
 
154 aa  52.4  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  63.64 
 
 
255 aa  52  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  30.77 
 
 
403 aa  52  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  42 
 
 
260 aa  52  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0680  restriction endonuclease  27.33 
 
 
304 aa  51.2  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3295  restriction endonuclease  26.62 
 
 
346 aa  52  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.978849  normal  0.622246 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7869  hypothetical protein  35.92 
 
 
250 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4245  restriction endonuclease  37.97 
 
 
368 aa  52  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114082  normal  0.143836 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1090  restriction endonuclease  30.77 
 
 
310 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.978634  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4933  Mrr restriction system protein  30.15 
 
 
304 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4097  restriction endonuclease  28.93 
 
 
208 aa  52  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6871  restriction endonuclease  30.77 
 
 
200 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  26.4 
 
 
184 aa  51.2  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  45.45 
 
 
259 aa  50.1  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  50 
 
 
262 aa  50.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0041  hypothetical protein  28.57 
 
 
338 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.777357  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1061  restriction endonuclease  30 
 
 
310 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0036  restriction endonuclease  42.25 
 
 
325 aa  49.3  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  52.78 
 
 
817 aa  49.7  0.00005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3646  restriction endonuclease  31.82 
 
 
304 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04217  methylated adenine and cytosine restriction protein  31.82 
 
 
304 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04183  hypothetical protein  31.82 
 
 
304 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1586  restriction endonuclease  29.75 
 
 
304 aa  49.3  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0968  Mrr restriction system protein  28.37 
 
 
305 aa  48.5  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3544  restriction endonuclease  33.05 
 
 
305 aa  48.5  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  43.14 
 
 
751 aa  48.9  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  32.14 
 
 
359 aa  48.5  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  57.14 
 
 
907 aa  48.1  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  55.88 
 
 
255 aa  48.5  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  52.78 
 
 
812 aa  48.1  0.0001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0203  DNA topoisomerase I  52.78 
 
 
814 aa  48.1  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.698596 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  30.77 
 
 
374 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  52.78 
 
 
814 aa  48.1  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3686  restriction endonuclease  35.8 
 
 
421 aa  47.4  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3601  restriction endonuclease  27.85 
 
 
293 aa  47.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00723  hypothetical protein  20.14 
 
 
323 aa  46.6  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.346466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  48.48 
 
 
267 aa  47  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1431  restriction endonuclease  38.1 
 
 
208 aa  47  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.45825  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1653  restriction endonuclease  24.2 
 
 
178 aa  47  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.447964  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  26.42 
 
 
400 aa  46.6  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0422  sodium- and chloride-dependent transporter  34.83 
 
 
128 aa  47  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.37197  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  50 
 
 
259 aa  46.6  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>