77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0313 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 260 aa  542  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  54.41 
 
 		 267 aa  309  2.9999999999999997e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  52.24 
 
 		 269 aa  303  3.0000000000000004e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  51.32 
 
 		 267 aa  282  5.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  52.31 
 
 		 262 aa  281  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  47.88 
 
 		 256 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  42.36 
 
 		 228 aa  194  2e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1130  NERD domain-containing protein  49.73 
 
 		 199 aa  185  8e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509839 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  43.22 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0751  NERD domain protein  45.13 
 
 		 355 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.234498  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  37.16 
 
 		 259 aa  162  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  42.86 
 
 		 329 aa  149  4e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4233  NERD domain-containing protein  37.93 
 
 		 207 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  41.76 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  33.75 
 
 		 259 aa  135  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1309  NERD domain protein  31.89 
 
 		 262 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  33.07 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2211  NERD domain-containing protein  43.75 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  35.56 
 
 		 211 aa  116  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0003  hypothetical protein  51.69 
 
 		 212 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0004  hypothetical protein  34.95 
 
 		 212 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1610  hypothetical protein  33.33 
 
 		 387 aa  102  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00290154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0005  hypothetical protein  47.41 
 
 		 212 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0131  hypothetical protein  47.41 
 
 		 212 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1889  hypothetical protein  39.68 
 
 		 139 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.344159 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0503  NERD domain-containing protein  27.45 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.180514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1109  hypothetical protein  27.47 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2594  NERD domain protein  27.42 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.173089  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1416  NERD domain-containing protein  27.27 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  26.67 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0334  NERD domain-containing protein  25.65 
 
 		 225 aa  62  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0988306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07440  hypothetical protein  41.11 
 
 		 111 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316107  normal  0.202998 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  29.93 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3664  hypothetical protein  27.16 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  28.12 
 
 		 281 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  55.26 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  40.74 
 
 		 355 aa  55.5  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  51.28 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  51.43 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  48.72 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  48.78 
 
 		 289 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  30.77 
 
 		 257 aa  53.9  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  53.85 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  48.57 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  38.98 
 
 		 252 aa  53.1  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  33.33 
 
 		 287 aa  52.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  27.91 
 
 		 348 aa  52.4  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  56.25 
 
 		 739 aa  52  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3513  NERD domain-containing protein  26.87 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  34.44 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0849  NERD domain protein  25.93 
 
 		 286 aa  49.3  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  47.37 
 
 		 310 aa  49.3  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  34.92 
 
 		 313 aa  47.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0218  NERD domain protein  25.48 
 
 		 310 aa  47.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3449  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  40.48 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  42.55 
 
 		 285 aa  46.6  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  44.74 
 
 		 230 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3660  NERD domain-containing protein  25.74 
 
 		 323 aa  46.6  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0158  DNA topoisomerase I  47.5 
 
 		 765 aa  46.2  0.0006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  32.89 
 
 		 704 aa  45.8  0.0007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0442  NERD domain protein  27.39 
 
 		 261 aa  45.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0335  DNA topoisomerase I  54.55 
 
 		 747 aa  45.4  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1205  hypothetical protein  34.38 
 
 		 229 aa  44.7  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0604166  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  52.78 
 
 		 689 aa  44.7  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  53.12 
 
 		 710 aa  43.5  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  47.06 
 
 		 744 aa  43.5  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2293  NERD domain protein  23.23 
 
 		 216 aa  43.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  47.06 
 
 		 696 aa  43.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2420  DNA topoisomerase I  46.88 
 
 		 715 aa  42.7  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  36.36 
 
 		 758 aa  42.7  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000450772  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  44.12 
 
 		 730 aa  42.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2432  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  50 
 
 		 206 aa  42.4  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003651  QueD-like protein  41.67 
 
 		 219 aa  42  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.593414  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  45.71 
 
 		 694 aa  42.4  0.009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02181  hypothetical protein  41.67 
 
 		 220 aa  42  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0572  DNA topoisomerase I  51.52 
 
 		 686 aa  42  0.01  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0758735  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2410  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 771 aa  42  0.01  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.11035 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>